惑星サファロンで発生した巨大プラント群の崩落という大事故に対処するため、ダイスF-99のメンバーが派遣された。依頼主であるサファロンの代表は、F-99が子どもばかりのチームであることに驚き怒りをあらわにする。そんな中、崩壊する施設の中へ突入したジェットは、星の行く末を案じる技術者バスと出会うが…。

宇宙船を襲撃し金品を奪う宇宙海賊団スペースパイレーツの横行に手を焼いた保険会社がダイスに組織の壊滅を依頼してきた。タックは大胆な作戦で巨大なアジトの攻略を狙う。作戦通りアジトに潜入するジェットたち。だがそこでジェットはディノブレイカーのナイトレックスに乗る謎の男ダークファントムと遭遇して…。

プラズマブリザードの吹き荒れる惑星バリオスの病院から子どもの元へワクチンを運んで欲しいという依頼を受けたF-99。だが、その凄まじい天候は想像を超えるものだった。タックは嵐がおさまるまでは任務遂行は無理だと判断する。ジェットはそんなタックの考えに反発し、周囲の静止も聞かず吹雪の中へと飛び出して…。

平和な惑星テラスKに彗星が急接近していることが判明した。このままでは彗星はテラスKに衝突、惑星は死の星となってしまう。ダイスはF-99を始めとした各チームを派遣し、彗星爆破計画を実行する。マルコのモノクローラーの活躍で彗星の内部に爆弾が仕掛けられ、作戦は順調に進んでいると思われたが…。

F‐99に緊急通信が入る。惑星シエト・ノース連邦で軍事用に開発され試験航行中の飛行艇クリオメイラが暴走、機密発覚を恐れた軍の上層部が乗組員ごと飛行艇を爆破しようとしていた。現場に駆けつけたF-99は、乗組員の息子イワンの「お父さんを助けて！」という悲痛な言葉を受けて乗組員救出の作戦を開始する…。

セクタ・カタロナの惑星モナサ。そこで開催される大ビークルレース・チキラ・グランプリにエントリーしているマイナーチーム・ホンマのマシンが事故をおこした。事故の多発を不審に思ったホンマ社長は、ダイスに依頼。ジェットたちはチーム・ホンマの代理としてレースに出場しつつ、事故の調査を進めることになるが…。

ディノブレイカーの定期メンテナンスのため、ダイスの本部ダイスゼロへやってきたF-99のメンバー。そんな中、ジェットとタックの2人は、辺境の星ヤスタケで観測機のデータ回収という地味な仕事を引き請けることに。だが任務の最中に発見したペレットを口にしたモトラプターの様子が急変、凶暴化してしまい…。

最近になって和平が実現した2つの惑星、ロブ2とロブ3。ロブ2の軍事施設が爆発するという事件が起き、戦争への気運が高まっていた。平和を願うロブ2の首相イザベラは爆破事件の真相究明をダイスに依頼する。ジェットとロベールは傭兵として、タックたちは保険会社の調査員を装って、それぞれ軍事施設へと潜入して…。

お互いに張り合い、ケンカの絶えないジェットとロベール。タックはこの2人にある任務を担当させる。タクト星のテンドー遺跡にある秘宝を回収せよ、というものだ。遺跡の内部には様々なワナが仕掛けられていたが、2人は対立しながら我先へと突破していく。そして、情報を聞きつけたバイスも宝を狙ってやって来ていた…。

惑星ガウロンの海に無人の貨物機が墜落、深度1万メートルの海底に沈没した。F-99への依頼は、この沈んだ貨物、亜空間エンジンの回収作業だ。深海での任務に耐えられるのはモノクローラーのみだということで、海底へと向かうマルコ。だが、マルコは深海に生息する巨大生物に襲われ、通信が途絶えてしまい…。

巨大重力を持つ惑星ゴルバンに眠るという魔石を回収せよという任務を引き受けたジェットは、ダイスC-01所属のマキアートと共に目的地の洞窟へ向かう。サムの開発した耐重力シールドで重力による障害をクリアし、進んでいくジェット。その道すがら、ジェットはマキアートから今は亡き兄ザップの話を聞き動揺する…。

ダークファントムに敗れたことにショックを受けたジェットは休暇を取り、ディノブレイカーの搭乗訓練に励んでいた。その後、パフィの協力でダークファントムの居所を突き止めたジェットは、惑星マクラボンで運行する船に雇われ船員として潜り込む。そこでダークファントムと遭遇したジェットは再度の勝負を挑むのだが…。

謎のディノブレイカーであるモトスティンガーの攻撃を受け、傷を負ったジェットとモトラプター。以来モトラプターの意識は戻らず、ジェットはチャオのアシスタントとして働いていた。その中、惑星ルバルの遺跡でナイトレックスとモトスティンガーが戦いを繰り広げていた。戦闘を止めるために急行するF-99だが…。

かつて生物化学兵器が造られていた惑星ゾッシュの研究施設。だが実験は失敗したため、現在は施設は封鎖されていた。そして、F-99のメンバーは行方不明になった調査団の捜索と実験生物の処理にあたることになった。その捜索のさなか、サムのミスでロベールが実験生物に襲われ行方がわからなくなってしまい…。

F-99の今回の任務は、惑星アルファ333に生息する巨大な珍鳥であるクック鳥のヒナの面倒を見るものだった。だが、珍しい生き物が生息するこの星に目をつけ、動物を乱獲していた密猟者ローズマリーにより、クック鳥のヒナの親は連れ去られてしまっていた。そのことを知ったパフィたちは親鳥を救い出そうとするが…。

ジェットとロベールに指名で依頼が舞い込む。依頼主はお金持ちの老婦人リリィ。リゾート惑星セシルへの観光旅行のお供をしてくれというのだ。気安く引き受けるジェットとロベールだが、セシルに到着した途端、怪しげな連中に追われる羽目になる。今は引退しているというものの、リリィは実はギャングのボスだったのだ…。

惑星ミリットの企業ビルに女性型のアンドロイドが侵入、機密情報を盗み出して行方をくらますという事件が発生した。F-99の今回の任務は、そのアンドロイドのリアンを捜し出すというものだ。調べを進めるジェットたちの前にパイクが現れる。さらにはダークファントムが一連の出来事に関わっていることが判明して…。

惑星デュラスの宙域で、パイクが消息を絶った。ダイス本部はデュラス政府に捜索の許可を求めたが、戦時下にあるデュラス政府は拒否。タックたちは情報を得るため、デュラスと敵対する星ガウロンで捕虜である女兵士シーラをたずねる。ジェットはデュラスのスパイであるシーラを脱獄させ、デュラスへの案内を要請して…。

惑星レムXB-1で任務を終え、弾丸特急に乗り込むジェット。だが、ブレーキが利かなくなり列車が暴走するという異常事態が発生。鉄道管理局はダイスに解決を依頼し、マキアートが任務につく。ジェットはマキアートとの連携で機関車の切り離しに成功。事件は解決かと思いきや乗客の1人が機関車に飛び移る暴挙に出て…。

惑星ドナンでの輸送の任務を追えたジェット、パフィ、マルコは進入禁止区域へ迷い込んでしまった。ジェットとマルコを捜すパフィの前にダークファントムが現れる。これまでも多くの行方不明者を出しているその一帯は、迷い込んだものを過去の記憶の中に閉じ込めエネルギーを吸い取ってしまうという怖ろしい場所だった…。

聖なる星ヘロンを祝って300年に一度の祭りが行われる惑星トール。F-99の今回の任務は、ダイスの最高執行機関である長老会からの依頼で祭りに参加するというものだった。ディノブレイカーを見世物として扱うことにしっくりこないタックたち。一方ジェットは手の甲のクリスタルに導かれ、地底世界を発見するが…。

惑星ゲールにて。F-99への今回の依頼主は銀行に立てこもった強盗犯だった。今いる人質を解放するかわりに身代わりの人質をよこせというのだ。あまりにも妙な依頼に不審がり警戒するタックやマーシャ。だがジェットは犯人側に何か事情があるに違いない、と単身銀行内へと乗り込んでいき、強盗犯シドラと対面するが…。

考古学者ファルコの依頼を受け、はるか昔に滅びたと伝えられる古代シタン文明の秘宝を捜索するジェットたち。遺跡の中で、ジェットはバイスと遭遇する。ファルコの元同僚の研究者レジェの依頼で、バイスも宝を狙っていたのだ。宝の地図をバイスに奪われ悔しがるジェットだが、ファルコは地図のカラクリを見抜いていた…。

ダークファントムがダイスの本部であるダイスゼロを襲撃したとの連絡を受け、驚くジェットたち。そして、ジェットはダークファントムの目的を理解したいと思うあまり、フォートレスのブリッジを占拠、ダイスゼロへと向かって出発する。そんなジェットの行動を何とか止めようとするマーシャたちだったが…。

モトスティンガーに襲われているダークファントムに出会ったジェットたちは、彼に加勢するが大量のモトスティンガーに苦戦。そしてパフィとサムは、ダークファントムが絡んだ事件を解析するうち、何者かがダイスの全ディノブレイカーにセンサーを埋め込み、不老不死の星ヘロンに関わる情報を集めていたことを知る…。

ダイスの長老会は不老不死の秘密を求めてヘロンへと出立しようとしていた。ダイスF支店のメンバーはそれを阻止しようとするが、他のダイスの抵抗にあい、ダイス同士で激しい戦闘が繰り広げられる。F-99のフォートレスもダイスFステーションへと戻り、タックを救出しようとするがパイクたちに行く手を阻まれて…。

ヘロンゲートを越え、新たなる宇宙に踏み出したジェットたち。多くの人々がそこに伝わる不老不死の秘密を得たいと考え、危険を冒してヘロン宇宙へ侵入を試みていた。ジェットたちの仕事はそうした人たちを保護することだった。ある時F-99に救難信号が入り、救援に向かったジェットたちは壊れた宇宙船を発見するが…。

野生のディノブレイカーに襲われたジェットたちを救ったのは、ヘロンナイツと名乗る5人の騎士だった。さらに巨大な竜の形をした宇宙船から出てきた少年と出会ったジェットたち。その少年、クロ＝ザンは自分の年齢を3250才だと言い、周囲を驚かせる。彼は、自分を故郷の星に送り届けてほしいとF-99に依頼して…。

巨大な竜の宇宙船ドラゴンフォートレスで、惑星セ・プラウにクロ＝ザンを送り届けたジェットたち。そこに暮らす人々は、皆不老不死の体を持ち、ゆったりとした時の中を静かに過ごしていた。だが、クロ＝ザンはダイスの仕事に興味を持ち、自分もダイスに入れて欲しいと懇願してきた。タックは、それを拒否するが…。

ヘロン宇宙に暮らす人々の存在が明らかになり、交易を望む者も現れ始めた。F-99の今回の任務は、ヘロン宇宙のガイド役として、商工会の代表者ファジーたちを様々な星へと案内するというものだ。その中、ガスに覆われた惑星ラキアーに辿り着いたジェットたちは、都市の中心部が崩壊するという事故に遭遇するが…。

惑星エルムートに生命王と名乗る人物が現れ住民を困らせているという情報を得たF-99はその星へと向かう。クロ＝ザンによると、生命王とはヘロン宇宙を支配している偉大な王だという。ジェットたちは生命王の宮殿を訪ねてみるが、そこにいたのはバイスの連中だった。そこにヘロンナイツのエイン＝ラトがやって来て…。

惑星パトラで、悪質なトレジャーハンターを拘束する任務についていたジェットたちはトレジャーハンターの反撃に遭い、ピンチに陥っていた。だが、ドラゴンフォートレスが不思議な力を発動させ、その場は収まる。その後、タックたちはドラゴンフォートレス内部の隠し部屋におさめられていた大きな剣を発見するが…。

ダークソードを手にしたジェットの身に異変が起きた。ジェットとモトラプターは合体してヒト型に変身し、暴走する。それを抑えようとするタックたち、ヘロンナイツの面々だが、変身したジェットとモトラプターは圧倒的な強さで倒してしまう。ダークファントムはダークソードを手放すよう、ジェットに呼びかけるが…。

ダークソードは消え去り、ジェットとモトラプターの姿もそれと同時に元に戻る。ダークファントムの行方を捜すため、ドラゴンフォートレスに問いかけるジェット。ドラゴンフォートレスはジェットに応えるかのように発進する。取り残されたタックたちはヘロンナイツに通信、ジェット捜索に手を貸して欲しいと頼むが…。

F-99はヘロン宇宙の中心部へと向かっていた。途中、ヘロンナイツのイベル＝デムとチャットを始めたパフィに呆れるタックたち。だがイベル＝デムからの通信が突如途絶えてしまう。そしてイベル＝デムが消息を絶ったと思われる洞穴へと入っていったジェットたちは、ものすごい数のディノブレイカーの化石を発見して…。

惑星ロンカミンで、ダークソードの片割れを発見したジェットたち。だがダークファントム、そしてヘロンナイツもダークソードを求めてその星へ来ていた。F-99の面々はダークファントムを止めるためナイトレックスと戦うが、まるで歯が立たない。その間にヘロンナイツのザバ＝ガンがダークソードを手に入れてしまい…。

ダークソードを持って消えたダークファントムを追って、惑星アレクへと向かうF-99。ジェットたちはその途中に立ち寄った惑星ラ・ベラで、ダイスの創設者キャプテン・ダイスの墓を発見する。そして、キャプテン・ダイスの宇宙船からデータを引き出したサムは、この星やヘロン宇宙全体が抱えるある問題に気づき…。

ヘロン宇宙の中心部にある惑星アレクへと到着したジェットたち。ダークソードを手にしたダークファントムは、何千もの野生ディノブレイカーと共に生命王を倒さんと生命王の宮殿を目指していた。ヘロンナイツはダークファントムに戦いを挑み、ジェットたちもまたその戦いを止めようとディノブレイカーで参戦するが…。

ダークファントムは惑星アレクの宮殿へ辿り着く。理想郷を作り維持するため数多くの命を犠牲にしてきたという生命王をこの手で倒すためだ。ダークソードを手にしたダークファントム、ブレイジングソードを手にした生命王が相まみえる時が来たのだ。2人の戦いを見つめるジェット。そこにアマ＝ラルが飛び込んで来て…。

ダークソードで生命王に立ち向かうジェット。生命王は惑星アレクから宇宙へ飛び出し、恒星ヘロンに突入する。迷わず後を追うジェット。ヘロンの中で対峙するジェットと生命王。そこでダークファントムの真意を悟ったジェットは渾身の一撃を生命王に振り下ろした！ ブレイジングソードは破壊されたかに見えたのだが…。