考古学者だった亡き父、田神教授の遺志に従い、ニューヨークに住む父の旧友Dr.ウェイブを訪ねた少年、悠宇はウェイブとその妹ドリスとともに謎の暗殺者たちから襲撃される。追手から逃れ、謎に誘われるままに進む悠宇たちを待つものとは…？ 今、血沸き肉踊る冒険活劇が幕を開ける！

凄腕だが謎めいた男“船長”も加わり、悠宇たち一行は謎の島オウストラルを目指す。大陸横断の旅を続ける彼らに迫るのは“GAIL”の刺客と、美しくも危険な香りに満ちたレイディ・リンクス。魅力的なキャラが登場し、物語はよりミステリアスに…。カーチェイスも大迫力！

サモア諸島に到着した悠宇たちは、執拗なGAILの追跡を交わしながら、オウストラル島に向けて嵐の中を出航する。そして島を目前にした彼らに、無数の巨大な触手が襲いかかる！ 巨大なクラゲを思わせる怪物の正体は？ 機械と水棲生物の融合体を思わせるフォルムが秀逸。

アルゴスとともにオウストラル新島にうちあげられた悠宇。海岸線の岸壁を渡る彼の行く手を、謎の怪物の触手が塞ぐ。絶体絶命！ その時、海原を揺るがす咆哮とともに、青い巨人が現れた…。南海の魔神譚のイメージが圧巻のゴーグ初登場篇。ゴーグと悠宇の邂逅を経て、冒険はいよいよ加速する。

船長たちは、旧島ゲリラのトメニクらの手引きで万能戦車“キャリア・ビーグル”を手にし彼らとともに新島に向かう。その頃ゴーグは、悠宇を頭上に乗せたままGAILの前線基地に接近、迎え撃つ戦闘部隊を圧倒的な戦力で叩き潰し歩みつづける。果たして青い巨人の誘う先とは…？

青い巨人は悠宇に自らの左胸を開いてみせた。そこにはあたかも眠っているかのような、穏やかな遺骸が座っていた…。悠宇は巨人の秘密に戸惑いつつも、一緒に行くことを決意する。そこにようやくキャリア・ビーグルが追いつくが、両者の間に緊迫した空気が流れ…。

ようやくドリスや船長たちと再会を果たした悠宇。一行は、相変わらず何かに導かれているかのように歩き続けるゴーグの後を進むが、その行く先にはGAILの精鋭部隊が待機する海坊主の砦があった。その攻撃をものともせず悠然と進むゴーグ…。ノンストップ・アクション篇！

ゴーグとキャリア・ビーグルは、GAILの砲撃を避けるため、鍾乳洞奥深くへと入っていく。しかしGAILはセンサーで悠宇たちの位置を探知すると、さらに執拗にピンポイント攻撃を仕掛けてくる。燃料も底つきかけ、暗闇の中を進むビーグル。そして、岩盤を突き破った先は…。

地底湖畔で一時の休息をとる一行。だがウェイブが一人探検に出て行方知れずになり、探しに出た悠宇とアロイも道に迷ってしまう。ライバル心をぶつけ合う二人だが、奇怪な生物を協力してやり過ごすうちに、いつしか信頼関係が…。秘境冒険ジュブナイルの王道を行くエピソード。

ゴーグ捕獲のため赴任したオドンネル大佐は、悠宇たちをダークベイという入り江の断崖に追い詰める作戦に出るが、悠宇たち一行はその裏をかき決死の断崖降下を試みる。だが血気に逸ったアロイの行動で一行は湾内に転落してしまい…。劇中初めてゴーグが重火器を使うのも注目だ。

再び現れた巨大触手が悠宇に迫る。その時ゴーグが沈黙から目覚め、格闘の末にクラゲ型メカを引き裂いた。そしてゴーグは、一行を不気味な声の響き渡る湾の奥へと導いていく。そこに洞窟を見つけた一行は、それが途中から明らかに人工的なトンネルとなっていることに気づく…。

トンネルを抜けた先は、広大な湿地帯グリーンマット。どうやらゴーグの目的地は、馬の鞍と呼ばれる尾根あたりらしい。ドリスに押し切られ魚釣りにつきあうことになった悠宇。だがそこに、事情を知らないアロイたちがレイディを連れてきて、悠宇たちは捕えられてしまった…。

悠宇の身柄をネタにかつての恋人ロッドの鼻を明かそうと、GAILタウンに潜入したレイディ。だが交渉は、女と男の感情のぶつけ合いに終始し、あまつさえロッドはゴーグ発見の報を聞くと、レイディを部屋に残し飛び出してしまう…。二人の過去が明らかになる。

燃え盛る炎の中で絶体絶命の悠宇。その危機を知り、ゴーグの怒りが爆発する。悠宇とドリスを胸の中に匿ったゴーグは、空中から迫りくる戦闘機を次々と撃墜すると再び湿地の奥深くへと歩を進めていく…。船長とレイディたちが繰り広げる、生々しい対決も見どころだ！

ついに馬の鞍に到達したゴーグは、そこに口を開けた洞窟の中へと入っていく。その先には美しい泉が待っていた。不安に震えるドリスと彼女を励ます悠宇を胸に、泉の底へと降りていくゴーグ。その先には、想像だにしない光景が二人を待っていた…。

巨大な地下建造物内で、ゴーグと酷似した紫色の巨人の出迎えを受けた悠宇たち。そして巨人の胸からゴーグの胸で眠っていた遺骸と瓜二つの男が姿を現した。精神感応で語りかけてきた男の名はマノン、異星人である。驚愕のファースト・コンタクトは、双方に何をもたらすのか…？

悠宇とマノンの邂逅。それは二つの異なる種族が、ともに生きていくことの可能性を充分に感じさせるものだった。しかし、ロッドの指揮で地下建造物への入口が爆破された時、不埒な人間に対してマノンの怒りが爆発した…。前半でマノンが見せる優しさと、後半の怒りの対比が悲しい。

侵入して来たGAIL軍はマノンのガーディアンに殲滅された。その凄惨で徹底した攻撃を目の当たりにした悠宇は、マノンに対し人類の非を詫び共存を訴える。しかしマノンは聞く耳を持たず、ゴーグに悠宇たちの捕獲を命じる。マノンの命令にゴーグは…？

悠宇たちを脱出させようとするゴーグの行く手を塞ぐ、数々の戦闘メカ。武装したガーディアンやゴーグをはるかに超える巨体メカなど強敵の数々を、ことごとく打ち倒すゴーグ。だが、壮絶な戦闘を経て逃げ出した彼らを予期せぬ運命が待ち受けていた…。迫力のメカ・バトルは必見！

ゴーグともどもGAILに捕えられてしまった一行。ロッドは悠宇を尋問するが、ゴーグが異星人に作られたものだという主張には全く耳を貸さず、ゴーグ及び悠宇の徹底的な調査を部下に命じる。容赦ない検査に苦しめられる悠宇の叫びは拘束されていたゴーグに届き…。

悠宇の呼びかけで目覚めたゴーグは、タウンのガイル部隊の攻撃を跳ね返し前進を続ける。そのパワーに大混乱に陥るタウン。そしてゴーグは悠宇を乗せニューヨークに向かう輸送機の前に立ち塞がった。その頃、第一火口では予想だにしなかった恐怖の群れが、這い出しつつあった…。

突如ガイルタウンへ侵攻を開始したガーディアンの群れ。反撃するGAIL軍だがガーディアンの威力に地球の兵器は全く歯がたたない。ロッドの協力要請に憤りを抑えられない悠宇だったが仲間のためにゴーグで立ち向かっていく。一方船長もその目的を明らかにし、物語は大詰めに！

オウストラル島を核攻撃で消滅させる！ 船長の報告で下されたこの決定に、ロッドは個人として立ち向かう決意をする。その頃、ゴーグはガーディアンの群れにたった一人で立ち向かっていた。戦いを終えようと必死にマノンに呼びかける悠宇。ようやく通信を開くマノンだがその決意は…。

再侵攻を始めたガーディアンに立ち向かうゴーグ。だが突如、ガーディアンが戦いを止めマノンからの不明瞭なメッセージが悠宇に送られてきた。罠かもしれない。だが悠宇は、船長の自分のできることを信じて進めとの言葉に従い、マノンの待つ火の山へゴーグとともに進んでいく…。

燃えたぎるマグマの海から姿を現したドークス・ガーディアン。マノンは、悠宇とゴーグを地下都市に招き入れると、秘密の全てを明らかにする。彼らが地球にやってきた古代から連綿と続いた絆を知る悠宇。だがその頃、全てを無に帰する核弾頭がオウストラル島に向け発射された…。

核ミサイルが島に迫る。消沈するキャリア・ビーグルの面々。だが、悠宇はゴーグとともにガイルタウンに向けて進み始める。「行くんだ、皆のところに」。そして行動をともにするビーグルの面々。悠宇とゴーグの冒険物語は感動のフィナーレへ！