日本橋学園に通う月島唯は落語の好きな女の子。高校を卒業したら、桂歌丸師匠の所に入門したいと思っている。目標に邁進する唯をうらやましく思う飛鳥山雅と誰からも愛される唯を嫌う谷中妙。一方、幕末の江戸では小塚原右京に召還された妖魔が暴れていた。その戦いで江戸を守る六人の天女たちは次々と倒されていくが…。

幕末の江戸にやってきた小石川鈴と内藤晶。意気消沈すると思いきや、嬉々として活動を始める。二人は江戸が大好きな江戸おたくなのだ。そして現代。唯は学園祭で、雅の手配した「全国の笑わない人50人」を相手に落語を演じ、悪戦苦闘する。そこへ現れたのは…。

江戸にやってきた唯たちは、その服装から江戸の役人に追いかけられる。既に江戸にやってきていた小石川鈴と内藤晶は、質屋の蔵で、平賀源内の巨大なからくりを発見する。折しも小塚原右京が召還した妖魔・相馬の古内裏が江戸の町を破壊していた。天女たちを失った三遊亭圓朝は単身、古内裏に戦いを挑むが…。

唯たちは、圓朝から宝珠に見出された天女であることを告げられた。唯たちは宝珠により天女の力を与えられたのだ。しかし、力を発揮するには天女への覚醒が必要だった。折しも妖怪・牡丹灯籠が襲ってくる。圓朝の屋敷は火に包まれ、病気で伏せていた谷中妙が逃げ遅れた。妙を助けるため、宝珠に呼びかけた唯は遂に…！

圓朝の屋敷が焼け、長屋で暮らすことになった唯たち。そんな長屋での生活が生活能力ゼロのお嬢様・雅には我慢することが出来ない。ライバルである唯がテキパキと家事をこなし、長屋の人気者になっているのも気にくわない。そんな雅に目をつけた妖怪・化け物使いは雅を巧みに誘い、意のままに操ろうと術をかけてしまい…。

旧暦の正月。今、唯たちの最大の関心は、晶と源内、狸のポン太と鈴の二組のカップルの恋の行方だ。そこへ京から妖怪・抜け雀、あたま山、たがやが江戸にやってくる。右京の兄である小塚原左京は弟の江戸攻略を助けるために、三人の妖怪を派遣したのだ。妖怪たちによって初詣に出掛けた晶と鈴は、術にかけられてしまい…。

千石涼に妖怪・たがやが戦いを挑んできた。三体に分身するたがやの攻撃に苦戦する涼。そんな涼を救ったのは、新選組の土方歳三だった。土方は、自分の剣に頼りすぎる涼に「剣に頼るな」とアドバイスする。再び涼に戦いを挑んでくるたがや。その決闘の場は高田馬場。涼は唯たちに黙って決闘の場におもむくが…。

黒船の艦長が花魁妖怪に血を吸われ、取り込まれた。黒船で江戸の町が砲撃される。唯たちは砲撃を阻止するために江戸湾の黒船に向かうが、強大な妖魔・海坊主が立ち塞がる。一方、晶は源内のからくり・改(仮）で海坊主と戦っていた。このからくりは天女として覚醒していない晶には大きな負担をかけるものだった…。

五不動の力によって張られた江戸の結界をなくすため、左京は天女として覚醒していない妙に目をつけた。妙を邪に取り込めば、五不動のバランスが崩れ結界が消滅する。その方法は呪法・黒衣の花嫁。邪なる者と婚姻を結ぶことにより、人を邪に変える呪法だ。妙は捕らえられ、右京との婚礼が行われようとしていたが…。

妙は邪に取り込まれ、江戸の結界が消滅した。妖魔軍は江戸に侵攻し、幕府軍・官軍が迎え撃つ。左京は有利に導くため、右京と妙の身体を使い、いにしえの妖魔・暗黒龍を復活させる。暗黒龍の中にかすかな妙の意思を感じ取った唯たちは、妙救出に向かう。しかし、暗黒龍の圧倒的な力に天女たちは次々と倒されていき…。

妙が覚醒し、江戸の結界は元に戻った。感情の起伏が激しい唯の心を怒りで満たし、唯を邪に取り込もうとするために唯に戦いを挑む左京。唯を邪に取り込めば、再び結界をなくすことが出来る。左京は唯と圓朝を戦いの場である妖魔の城・計都城に招待する。そして地下の闘技場で唯と圓朝、左京の戦いが始まった…。

小塚原左京の圧倒的な邪の力によって、天女たちの命の火は次々に消され、圓朝、そして唯までもが倒れてしまう。絶望的な状況の中、唯はもう一度立ち上がり…。