経済問題の摩擦が激しい惑星メディアと惑星ファウヌスの調停の為に、宇宙惑星連合の役人を無事にメディアまで送り届けることになったエクレールとリュミエール。2人はガードロボットのドナシュラークと共に専用の高速巡航艦・ラミューズでメディアへ向かう。だが、メディア近辺は惑星ファウヌスの宇宙艦隊が封鎖していた。

ESメンバーのアールヴとドヴェルグは重力制御物質『Hi・G』の違法取引を摘発するが、押収したはずの『Hi・G』が何者かの手によって奪われる。アールヴ達に協力し事件の解決に乗り出すエクレールとリュミエールは、違法取引犯が拘置されている収容所を訪れる。だが、そこには重力爆弾の罠が待ち受けていた。

コルス星系で、星間詐欺事件の大立者・ドレイクとその一味を逮捕したエクレール達。コルス警察の孟警部とともに、ドレイクを銀河中央司法局まで護送する。護送中も若いエクレール達に憮然とした態度を取る警部。そんな中、囚人護送船襲撃を生業とする『保険屋』がドレイク奪還のためにエクレール達に襲い掛かる。

売買取引が制限されている戦闘サイボーグ。その闇取引が行われている宇宙ステーション『キュボス』では戦闘サイボーグの格闘大会が開かれていた。盗まれた強化パーツの捜査のため、エクレールは選手として闘技場に潜入する。だが、1体の戦闘サイボーグがエクレールの事を覚えていたために、周囲の者が敵となってしまう。

久々の休日。エクレールはリッキィと食事に、リュミエールは優雅にオペラ鑑賞へ出かける。だが、エクレール達が食事をする高級クラブでは悪質な企業と経済界の裏情報を商品とした地下組織とのインサイダー取引が行われていた。

エクレールとSOメンバーのパドゥーシカは軌道エレベータでの盗難が続出している交易惑星サテュロスでデータ運搬の任務に就く。エクレールはESメンバーとしての身分を隠し、少し頼りないパドゥーシカの助手として同伴する事になる。

13歳の少年ティムは父の死去によりローゼンフェルト財閥を引き継ぐことになった。財産を相続するためには、遺言の指定日時までに父が生まれた惑星を探し当てる必要がある。エクレール達はティムに協力して指定の場所を探す事になるのだが…。

エクレールとリュミエールはジオソート弾流通ルートの解明と裏取引を阻止するべく、惑星クローニンへ向かう。だが、クローニンでは同じくESメンバーのトゥイードゥルディとトゥイードゥルダムの姉弟も局長から同じ特務を受けていた。エクレール達は姉弟と協力し合い、ジオソート弾の調査に乗り出す。

惑星ダルダノスでは、ここ数年経済界の大立者が次々と消息を絶つ事件が起きていた。エクレールはGOTTの地元出張所に所属しているSOメンバーのブッフフォルツとホルスを引き連れて事態の解明に乗り出す。

休暇中のエクレールはなじみの軽食店に行く。ウエイトレスのカプリスはエクレールが普段と違い、気力を喪失していることに気づく。やがて軽食店を出て、あてもなく歩くエクレールは湖畔の公園にたどり着く。芝生に寝そべり、自らにまつわる秘密と向き合い葛藤する。

地球に似たバカンスの惑星、アウレーでは銀河系を支配する支配階級『ノーヴルズ』が君臨している。美しい星とは裏腹に、ロボットのように働かされる住民を見てエクレールは複雑な気持ちになる。アウレー管理局の管理次官ミステルはそんなエクレールにデモ隊沈静の依頼を要請する。

アウレーでの件が原因でエクレール達はGOTTの登録を抹消されてしまう。逃亡するエクレール、リュミエール、そしてアームブラストの3人。だが、エクリプス局長の命令のもと、GOTTの局員達が追跡者として彼女達を追う。

エクリプス局長はアンオウ・エイオウの2人にエクレールとリュミエールの追撃を命じる。それを聞いて彼女達との因縁が深いアンオウは笑みを浮かべる。一方、追撃の手を逃れようとエクレールとリュミエールは辺境のとある廃棄コロニーへと向かっていた。

エクレール達2人の消去命令の特務を受けたトゥイードゥルディとトゥイードゥルダムはテラフォーミング中の惑星でメンテナンス中のラミューズを発見した。2人の消去に対して気が進まないトゥイードゥルディ。だが、特務と割り切りドナシュラーク、ヴィルヴェルヴィンドにとあるプログラムを仕掛ける。

惑星アイネイアースに現れたエクレールとリュミエール。エクリプス局長に会う為に、GOTT本局ビルを訪れる。しかし、本局ビルではそんな2人を待つ者達が出迎えるのだった。2人は意外な形での歓迎を受け、それに応える事になる。

ベッドで眠るエクレール。リュミエールは、そんなエクレールに付き添い、あれこれと世話を焼くのだった。一方、アームブラストは報告の為に連合監理委員会の上司の下に出頭する。その報告の内容には驚くべき事実が含まれていた……。

GOTTに新たなESメンバー達が配属される事となった。上司に呼び出さた、ESメンバーのデクステラとシニスラの2人は新規ESメンバーの教育係に任命される。新人に手を焼くデクステラ達だったが、2人はある事に気がついていた。

GOTTに軟禁状態のアームブラスト。しかし、エクレールに促され新規ESメンバー達のサポートにつく事に。新規ESメンバー達の任務はGOTTの活動を妨害する者達の追跡であった。その追跡行の途上、新規メンバーが体調不良を訴え、アームブラストはそんな新規メンバー達にある事を話し始める……。

遂にエクレール、リュミエール達の対決が始まる。敵は彼女達の能力と拮抗しうる力を持っている為、その戦いは一進一退を繰り返す事に。だが、そんな膠着状態は意外な人物によって撃ち破られるのであった。

様々な事件が起きる中、それでもGOTTは再建の道を歩んでいた。一方、エクレールは自分の記憶と身体に関する問題と向き合い、それを乗り越えようと決意を固める。しかし、その傍らで、リュミエールの身に異変が起きようとしていた。

GOTTでの事件をよそに、銀河系では《星暦》が始まって以来、最大の出来事が幕を開けようとしていた。トゥイードゥルディ姉弟が現場に向かう一方、アームブラストもまた密かにその実態を探っていた。その実態はGOTTを揺るがすのに十分なものであった。

GOTT長官のシュバリエによって幕が開けられた一大事件は、GOTTのみならず宇宙惑星連合のノーヴルズ、ひいては銀河全体を震撼させうるものであった。シュバリエの元に向かうエクレールとリュエール。やがて、シュバリエの前に現れた彼女達は…。

全銀河の人々が見守る中、エクレール達の戦いの場は大きく移動し、皆にとって懐かしい場所が舞台と成るのだった。退く事もままならぬまま、強大な敵を相手に苦戦を強いられるエクレール達は、ついに絶体絶命の窮地に立たされることになる。

最後の戦いの火蓋が切って落とされる。既に人外の力を手にした敵に対し、あらゆる術を尽くして対抗する一同。だが、力及ばぬ戦いを強いられる中、唯一残された手段は皆の哀しみを誘うものであった…。戦いの行方と共に、物語は最後の時を迎える。