とある村で開催されている「マジカルバトル」の決勝戦に、突如現れた魔法少女パドドゥ。ところが彼女は大事な大会を邪魔するばかりか、なんと優勝の座まで横取りしてしまう。それによって不幸にもハナマルを逃した魔法少女ピピンが、ハナマルを取り返すべくパドドゥを追う。

パドドゥはある日、3ヶ月で12個もハナマルを集めた優秀な魔法少女ミュミュ・ピステリカに出会う。そして彼女と一緒に旅をすることになるが、そこに女王プリルンの部下ズッキーニが現れる。女王の手先がなぜ、二人の元に…??

ノノノンは、いくつもの街を破壊したという、この国のお尋ね者。警察に追われる彼女とばったり出くわしたパドドゥは、なんとノノノンの仲間と勘違いされて警察に投獄されてしまう。それを助け出したのは、お尋ね者のノノノン。彼女は一体何者なんだ!?

女王プルリンを尊敬し、女王のような魔女っ娘に憧れるパドドゥ。しかしノノノンは、そんなパドドゥの夢を意味深そうな言葉で否定する。元魔女っ娘のノノノンは実はプリルンの親友だったのだ。二人の過去に隠された秘密に、ノノノンの言葉の真相も明らかになる。

巨大な木が生い茂る村「ツリー・ランド」。そこにやってきたパドドゥとミュミュは、村で開催されていた「ハナマル争奪、大食い大会」に参加する。パドドゥに対抗意識を燃やすピピンも加えるが、この大会はズッキーニのでっち上げ。体型を気にするミュミュを太らせる目的は達成されるのか！

警察署に、マスタードの田舎から「ヘケサモケサ」という、でろでろの気持ち悪い生き物が届く。彼女の田舎ではご馳走らしいが、あまりの気持ち悪さにケチャップは体調と機嫌を激しく悪くしてしまう。マスタードはなんとかケチャップを喜ばせようと画策するが、どれも失敗ばかりで…。

ズッキーニの企みによって、パドドゥとミュミュ、更にパドドゥを追ってきたピピンが広大な砂漠で遭難してしまう。灼熱の太陽の下をさ迷い歩く三人は、幻覚を見るほど憔悴していく。が、一番悲惨なのは、三人の日よけ代わりにされ、熱い直射日光にさらされる魚吉であった…。

ツリー・ランドでいつもの追いがけっこを繰り広げるピピンとパドドゥ、ミュミュの三人は、巨木の間を走り回るうちに洞窟に迷い込む。洞窟の中は真っ暗な上、迷路のようになっていて、完全に迷ってしまうのだった。なんとか外に出ようとするが、暗闇の中で大混乱になってしまう。飛び出した先は、なんと空だった！

ピピンのマスコット、セキネくんのお腹は、実は謎の空間につながっている。それを知っていながら、ピピンがうっかりその空間に落ちてしまった!! そこで彼女を助けるため、パドドゥとミュミュも後を追うが、そこに広がっていたのは想像を絶する奇妙な世界だった！ 果たして三人の運命や、いかに!?

嵐の夜、魔女っ娘がドイン人の花園を守りぬいたという故事にちなむ、古式ゆかしい勝負にパドドゥたちが挑む。魔女っ娘を目指す者が一度は通らねばならない試練だといわれているこの勝負。三人はそれぞれの技を駆使してなんとか花園を守ろうと奮闘する。

ある日突然、警察署に「キンメボンス」という不気味な生き物が届く。送り主はケチャップの田舎。ケチャップはこれを見て「煮付けにすると美味しい」と大喜び。マスタードはその不気味さに怯えるが、ケチャップからこのキンメボンスの煮付けをつくれと命令されてしまう。その結果は…!!

優雅に午後の紅茶を楽しむプリルンに、「お前の首をもらう」と、ノノノンからメッセージが。怒り心頭のプリルンはズッキーニにノノノン討伐を命ずるが、「おっちょこちょいな自分がノノノンを倒せるか？」とこころもとないズッキーニ。しかしプリルンのため、自らを弾にした人間大砲でノノノンに襲いかかっていく!!

先へ進むには絶対通らなければならないが、出口はだれにもわからないといわれる忌まわしい場所「永遠商店街」。パドドゥたちもついにここへやってきた。が、その名のとおり果てしなく続く店には、とにかくなんでもある。にんじんや宝石、果てはハナマルやお金まで手にいれる三人だが、本当にほしい物はなんだったのかな？

「魚吉を食べて、食べまくって、肉がなくなったらどうなるんだろう？」ふと疑問に思ったパドドゥは、「そうだ、やってみよう！」とピピンやミュミュたちと一緒に魚吉のフルコースを平らげてしまう。そして、ついに骨と皮のみになった魚吉は…??

ピピンから「どうして魚吉の肉を食べられるの？」と訊かれたパドドゥ。パートナーの肉を食べるなんて信じられないとピピンはいうが、パドドゥの故郷ではそれは当たり前の習慣なのだ。しかし、実はパドドゥも最初は魚吉の肉を食べられなかった。果たしてパドドゥは、いかにして魚吉を食べられるようになったのか？

世界中の星が生まれる、星の国の湖。願いをかなえる流れ星も、ここから降り注いでいる。そこへやってきたパドドゥたちは、魔女っ娘候補生のアイデアの一つ「幸せお助けメーター」をゲットするために、流れ星を投げまくっていた。かくして地球には、これでもかと流星が降り注ぐのだった!!

ある日パドドゥとミュミュの二人が、3Dワールドに迷い込んでしまった。二人は3Dケチャップと3Dマスタードに追われた上、なぜか彼女たちと闘技場で戦う羽目になる。

パドドゥたちは、地球での魔女っ娘ライフを疑似体験できるシミュレーション施設にやってくる。このバーチャル空間の中では日常の様々な分岐点に三つの選択肢を出し、正しい選択をしていくと「グット。エンディング」を迎え、ハナマルがもらえるのだ！

昭和40年代、日本のとある町。ノノノンは貧乏な山本家に一家を洗脳して入りこみ。魔女っ娘として修行していた。山本家の長男の和彦とも仲良くなり、楽しく暮らしていたある日、近所の空き地にビルが建設されることになる。遊び場を取られそうな和彦のため、ノノノンは魔法を使うが…。

ノノノンとプリルンの魔女っ娘時代のお話。二人が住む町に建つ古い長屋は公園建設のため取り壊されることになったが、これはプリルンの策略。仕方なく長屋を離れる家族の中には和彦の同級生の姿もあり、和彦も悲しんでいた。その姿を見るに耐え兼ねたノノノンは、魔法を使って長屋を守ろうとするが…。

ある朝、宿でパドドゥが目を覚ますと魚吉が消えていた。「魚吉が盗まれた〜〜」と大慌てのパドドゥ。しかしその頃、魚吉はズッキーニの元にいた。昨夜ズッキーニはミュミュのバトンを盗むために宿に忍び込んだのだが、ルキャに気付かれ、間違って魚吉を持っていってしまったのだった！

享楽の街バハーラ。今回の勝負はこの街で店を開き、それぞれの関連グッズを売るというものだ。売り上げトップの娘にハナマルが与えられるということで、パドドゥ、ミュミュ、ピピンは張りきって開店する。しかし、OLに人気の「あるグループ」に大差をつけられてしまう。彼らに対抗しようと雇った助っ人は…。

シスター・プリンスに対抗するため、パドドゥたちは、むつくけきブラザー・プリンセスを雇う。ところが彼女らとは宿命のライバルであるシスター・プリンスはそのブラザーたちと大喧嘩を始めてしまう。そして、そのとばっちりを受け、なぜかパドドゥとピピンが対決することになるのだった。

同人誌を売り始めたパドドゥの店は大繁盛。本人も訳もわからず売っているが、中には「ぬとぬとプリルン」などという本もある。そんなプリルン系同人誌が、街にそびえ立つバハーラの塔から流れる毒電波によって、世界中に発信されてしまった！ それがプリルンに見つかり、激昴する彼女は塔を…!!