ロボットたちが活躍するスポーツ“アイアンリーグ”。ラフプレー中心のリーグの中で、毎年最下位だが常に正々堂々と戦うサッカーチームのシルバーキャッスルがあった。新たなリーガーが合流し、リーグにフェアプレーのリーガー魂を取り戻す戦いが今始まる…。

ダークから移籍したマッハウインディが突然倒れた。ダークの秘密回路のせいだ。ウインディがいなければダークには太刀打ちできない。そんなウインディを修理するマグナムエース。ラフプレーで攻めてくるダークにシルバーは初勝利をあげられるのか…。

野球リーグへの参戦を強制されたシルバーだったが、マグナムの剛速球を捕ることができるキャッチャーがいなかった。元アメフトリーガーであるブルアーマーのパワーなら捕球は可能だ。だが、ブルは復帰を拒む。マグナムはブルを仲間にしようとするが…。

野球リーグ、対ダーク戦。ブルがフルパワーを出せないせいで、マグナムもフルパワーの魔球44ソニックを投げることができない。試合中、ついにラフプレーに切れて暴走するブル。そんな暴走するブルの前にマグナムは立ちふさがる。

誇り高き剣道リーガーの極十郎太からマグナムに挑戦状が届いた。十郎太の剣技を見たマグナムは彼をシルバーの4番バッターとして迎えいれようと決闘の場に赴く。勝負は一球勝負。ぶつかる十郎太の剣とマグナムの魔球。果たして勝負の結果は…。

ゴールドアームの魔球ジェノサイドスクリューの攻略法が見つからないシルバー。ダークも44ソニックの攻略法がなかったのだが、ラフプレーでマグナムを傷つけ球威を落とすことで攻略に成功した。最終回、一打逆転のチャンスに十郎太が現れた。

陽気なバスケリーガーのトップジョイが現れ、シルバーに入団した。さっそくサッカーの試合に出場することになるが、実はルールも知らなかった。試合はダークのラフプレーに耐えながら、なんとか同点で進む。試合終了直前、トップジョイは渾身のシュートを放った。

シルバーに設立当初から所属するキアイリュウケン。パワーはあるもののサッカーは一向に上達しなかった。そんなリュウケンに自分が生まれた工場に行くことを勧めるトップジョイ。だが、そこにはシルバーを潰すためにダークの秘密工作部隊が待ち構えていた。

謎のバスケチームのダンクガンズが現れた。ヘッドパーツを賭けたストリートバスケの真剣勝負を持ちかけられ、それを受けるトップジョイ。実はダークのスパイであるトップジョイを囮にして、マグナムたちをおびき出し破壊するのが目的だったのだ。

トップジョイがルリーをかばって大破した。記憶回路に致命的なダメージを受け、このまま放置すれば再起不能になってしまう。トップジョイを見捨てることができないマグナムは隠してきた過去を知られてしまうことを覚悟の上で自分の記憶回路をつなぐのだった。

シルバーの勢いを止めるために新リーガーのS-XXX（エススリーエックス）が導入された。しかし、心の通じ合ったプレーを予測することはできないS-XXXはアタックモードに移行。S-XXXはアイアンソルジャーだった。その攻撃にフィールドはさながら戦場と化した。

ダークとの試合に挑むためにシャトルで飛び立つシルバーだが、エンジンが故障し大氷原へ不時着した。救助を待つシルバーの前に現れたのはGZ（ジーゼット）率いるダークの破壊部隊だった。攻撃に加え、オイルも凍る寒さの中で全員は疲弊していくのだった。

GZたちはハイパーニトロという耐寒用の軍事オイルを使っており、シルバーとは動きに圧倒的な差があった。GZはトップジョイがスパイであることを告げ、さらに精神的に追い討ちをかける。ダークに戻るトップジョイの胸には一つの決心があった。

極寒の地に長く足止めされていたため、ルリーが高熱を出して倒れた。もはや一刻の猶予もないマグナムたち。十郎太に吹雪発生装置の破壊を任せ、マグナムたちはGZたちを足留め、シャトルの奪取を試みる。だが、仲間たちは次々に倒れ…。

試合開始時間が迫る中、風の都キングスレイに到着したシルバー一同。選手はみな満身創痍だったが、スタジアムでメンテナンスをして出場を試みる。しかし、町は大渋滞。マグナムたちは試合会場に向けて走り出した。

後期リーグの優勝決定戦が始まった。全員のメンテナンスが終わらず、シルバーは苦戦を強いられる。ダークのラフプレーに加えて時折吹く強風にも悩まされる中、不屈の闘志で復活したウインディが同点シュートを放つ。優勝の栄光はどちらに輝くか…。

ナショナルチャンピオン決定戦への出場を決めたシルバーの特別番組の放送日。シルバーの選手は各自これまでの道程が正しかったことを再確認していた。いよいよ番組が始まる。次々と紹介される激闘の名場面。そこには常に正々堂々と戦うシルバーの姿があった。

スタメンが決まらず自信を失っていたシルキーたちは舞い込んだ謎の挑戦を受けて立つ。監督にいわれた、忘れてしまった何かを取り戻すために。その前に現れたのはマグナムの性能も凌駕する軍団だった。シャーキードーグたちが圧倒的なパワーでシルキーたちに襲いかかる。

ナショナルチャンピオン決定戦第一戦。開始早々ゴールド三兄弟の新必殺技でゴールを奪われ、気負いすぎたウインディは功を焦ってスタンドプレーで失点を重ねてしまう。後半、ウインディがチームワークの大切さを思い出し、流れに乗ったシルバーは…。

第二戦。手を抜き余裕を見せるダークに対してシルバーは先取点を取るが、すかさずダークに追いつかれてしまう。その後、ダークの攻めに傷つきながらもゴールを守るシルバーは、ダイレクトパスをつなぎ、光の矢と化したボールをダークゴールへ蹴りこむのだった。

ナショナルチャンピオン決定戦は最終戦にもつれこんだ。ダークは新リーガーであるワルキューレを投入し、容赦ない攻めでシルバー全員を倒す。そのとき、ゴールド三兄弟の声で再び闘志に火がついたシルバーの選手たちは、満身創痍ながら不屈の闘志で立ちあがった。

試合は後半に突入。必殺技の応酬で盛り上がるスタジアム。ゴールド三兄弟の全身全霊を込めたシュートで同点に追いつく。その威力ですべての選手がフィールドに倒れた。ここで彼らが立ち上がらなければ、得失点差でダークの優勝が決まってしまうのだが…。

敗戦を喫したゴールド三兄弟を待っていたのは強制引退だった。強制引退とはアイアンソルジャーという兵器に改造されて戦場に送り込まれることを意味する。マスクはどうにか逃げ出すが、アームとフットは捕まってしまう。そんなマスクをマグナムとウインディは助けるが…。

改造され、弟に容赦ない攻撃を加えるフット。ライバルとして記憶を蘇えらせるために対峙するウインディ。そして、マグナムは同じく改造されたアームの記憶を呼び戻そうと対決する。そんなマグナムの魂を込めた44ソニックにアームは反応する。

マグナムとウインディが行方不明になった。エネルギー反応を追い、ダーク本部にやってくるルリーたち。そのころ、マグナムたちは護衛ロボットに足留めされていた。ゴールド三兄弟はショックサーキットに耐えて反撃を開始する。

ワールドツアーを目前にして、突然マグナムがシルバー退団を申し出てきた。シルバーの選手へ一切理由も告げようとしない。それを聞いたウインディたちも理由をいわなければ一緒に退団するといい出した。マグナムは、そんな彼らにはぐれリーガーの話をする。

ルリーの父であるリカルドを探し、はぐれリーガーを救い出す旅がいよいよ始まった。リカルドのメッセージにあったジャウの町にたどり着くシルバー。そこでロボットを襲う密林の怪物がはぐれリーガーであることを知ったトップジョイは、彼にバスケ勝負を挑むのだった。

すべてのはぐれリーガーを支配しようとする闇の貴公子からシルバーに野球の挑戦状が届いた。しかし、ただの野球ではなく海上野球だった。その中にはかつて優勝請負人といわれた名投手のワイルドホークがいた。不慣れな海上でシルバーは苦戦する。

雷雲に浮かぶバレーコートで、はぐれリーガーのデウスたちと戦うことになったシルバー。相手は空中を自由に飛ぶことができ、さらに雷からエネルギーを無限に吸収できるという特殊なリーガーだった。落下したら最後のコート上で死闘が始まる。

リカルドの情報を得たルリーたちは山頂にある無人観測所へと向かった。そのころ、ボーシップで子供たちと留守番をすることになったGZは、慣れない子供を相手に孤軍奮闘していた。そこにダークのソルジャー部隊が現れ、ボーシップを襲撃してきた。

幽霊が住むといわれる洞窟で、マリコとヒロシが行方不明になった。探しにいったマグナムたちの前に現れたはぐれボクシングリーガーのダイクダイソン。幽霊の正体でもあったダイソンは再起を賭け、リュウケンとボクシング勝負をするのだった。

一人砂漠で遭難した十郎太は、はぐれリーガーのシスレーとともに探していたリカルドに出会った。シスレーはダークの輸送船を襲う盗賊だった。リカルドの言葉に迷いながらも十郎太は、シスレーに盗賊をやめさせるため、真剣勝負を挑むのだった。

火山の町で地元のサッカーチームであるヘルスパーズにサッカーを教えることになったウインディ。その特訓を受け、強くなりたいと思ったヘルスパーズは闇の貴公子に騙されてしまう。マインドコントロールを受けた彼らは、ウインディに襲いかかるのだった。

アイアンリーガーのオイルを吸いとる吸血リーガーにより、吸血鬼となったGZ。そんなGZを助けるため、マグナムたちはアルカードの城へ乗り込む。そこには吸血鬼と化したGZがいた。

立ち寄った町で、ブルはかつてのチームメイトであるジェットセッターに出会った。ジェットセッターはブルの暴走事件以来、誰も信用できなくなり、はぐれリーガー同士の賭けバトルを主催していた。ジェットセッターに再び人を信じる心を宿すブルの挑戦が始まる。

西部の町にやってきたシルバーは、そこでアイアンボウラーのワットから挑戦を受けた。はぐれリーガーとの試合でラフプレーに破れて以来、ワットは相手を潰す試合ばかり行なっていた。マグナムたちはワットの妹であるアンプに助けを求めるのだが…。

セーガルの映画プレミア試写会に招待されたシルバーを襲うゴルフボール。正確無比なショットで狙ったターゲットは外さない、はぐれアイアンゴルファーのサーティーンの仕業だ。狙われたシルバーの選手は、一人また一人と倒されていくのだった。

ワイルドホークを始め、シルバーが接触し正々堂々のリーガー魂を取り戻したアイアンリーガーは、それぞれの世界でいちスポーツマンとしての正しい道を歩み始めていた。マグナムたちは自分が信じたことが実を結んだと感慨にふけるのだった。

ワールドツアーへの出発準備をしている最中、リュウケンが突然倒れた。リュウケンの駆動炉を直すことができるのはリカルドしかいない。リカルドに呼び出されてきた島にはなんと闇の貴公子が待っていた。はぐれリーガーをめぐる最後の戦いが始まる。

敵は次々と襲ってきた。仲間を前に進めるために十郎太、GZ、トップジョイが敵をひきつけては犠牲になり倒れていく。洞窟ではアメフトリーガーのマドチェン部隊が前に立ちふさがった。そこで出会うリカルドとルリー。そこに洞窟が崩れ瓦礫が落ちてきた。

ゴールはもうすぐだったが、マグナムたちは電磁ネットで行く手をふさがれる。最後の刺客であるデステニー部隊の前に倒れるウインディとリュウケン。マグナムも絶体絶命のピンチに陥ったが、その前にゴールド三兄弟が率いるはぐれリーガーたちが現れた。

ワールドツアーが開幕。サッカーのワールドツアーのはずが、ギロチの陰謀により、アイスホッケーと野球を勝ち抜いた2チームがサッカーで雌雄を決することになった。戸惑うシルバーの前にダークスワンの新リーガーであるファイター兄弟が現れた。

GZの活躍で、あと1勝で第二ステージの野球に駒を進めることができる。しかし、最終戦の相手はファイター兄弟が率いるダークスワン。ダークにいながら正々堂々戦うファイター兄弟にマグナムは今まで感じたことのないものを感じ取るのだった。

アイスホッケーの最終戦は引き分け再試合となった。ファイター兄弟はマグナムの動きを読み鉄壁のディフェンスを見せる。そのとき、マグナムにもファイター兄弟の動きが読めるようになった。初めて体感する現象に戸惑うマグナムだったが…。

第二ステージの野球に進出したシルバーは、連勝するがマグナムは44ソニックの連投で相当のダメージを蓄積していた。十郎太はマグナムに自分を見失っていることを告げるが、納得しようとしない。それをわからせるため、十郎太はマグナムに決闘を挑んだ。

十郎太はマグナムに白紙の手紙を残してチームを去った。そしてマグナムは44ソニックの連投でついに倒れてしまう。病院で十郎太の手紙の意味を感じ取ったマグナム。肩が壊れて44ソニックを投げられないマグナムだが、チームが一丸になることで相手を抑えるのだった。

第二ステージ最終戦はダークとの一戦になった。アームの投げる44ソニックとマグナムの44スクウェアにより試合は投手戦になる。しかし、44スクウェアは攻略され始める。窮地に陥るマグナムだが、44スクウェアがまた微妙な変化を見せ始めていた。

必死に新魔球への糸口を模索するマグナムだが、心を白くしようと意識するあまり力んでしまう。一度はマウンドで倒れるが復活するマグナム。リカルドの言葉で本当の自分を取り戻したマグナムは、その身に宿る新たな駆動炉を回転させるのだった。

試合はとうとう延長戦に持ち込まれた。マグナムのシステムの異常を気にする工場長に、リカルドはマグナムの隠された第二の心臓部ココロキットが発動したことを告げる。試合はダーク、シルバー両者点の入らないまま膠着状態に突入する。果たして勝つのはどっちだ。

マグナムとウインディは、正々堂々とプレーするファイター兄弟とどのように戦うべきか悩んでいた。試合の流れは完全にダークに傾いていた。しかし、そんな中、ウインディは迷いをついに払拭した。その想いがマグナムにも伝わり、ようやく全力を出すのだった。

ファイター兄弟は強烈な攻撃を仕掛けるが、シルバーのチームワークで抑えられる。二人だけで勝とうとするファイター兄弟に、ゴールド三兄弟はシルバーに対抗する方法はチームワークしかないと諭す。その叱咤にファイター兄弟のココロキットがついに発動した。

両軍ともに必殺技の応酬で、一進一退の攻防が展開されていた。最後は心を集結したシュートがダークゴールに炸裂。シルバーはワールドチャンピオンを決めた。その歓声の裏で負けたゴールド三兄弟たちを強制引退させるべく、ダークのソルジャー部隊が動き始めた。