邪悪なドライアスを追って来た、宇宙警備隊の隊長・ファイバード。アンドロイドに乗り移り、火鳥勇太郎と名乗って大活躍…とはいかずボケるばかり。だが、ジェット機と合体し武装ファイバードとなれば、無双の剣・フレイムソードを振るって悪を斬る！

天野博士は格納庫でタンクがしゃべるのを目撃する。ファイバードの仲間エースバロンが乗り移っていたのだ。その頃、サミットが行われている豪華客船クイーンメリー号が突如怪物に襲われた。ドライアスと手を組んだDr.ジャンゴの仕業だ。火鳥勇太郎、出動せよ！

佐津田刑事のパトカーには宇宙警備隊のガードスターが乗り移っていた。Dr.ジャンゴはオゾンホールを開け紫外線で人類を壊滅しようとフロンガス工場を襲う。そこに現れた救急車と消防車。彼らも宇宙警備隊のガードレスキューとガードファイアーだった。

「生命を救う」とか「世界平和」とかいう言葉に弱い火鳥はアンドロイドなのに献血をしてしまう。自分の正体がバレてはまずいと血液を取り戻すため血液研究所へ向かうが、そこではDr.ジャンゴの部下シュラが輸血用の血液にウイルスを混入させようと暴れていた！

東京湾海底にあるレアメタル採掘基地に怪物が現れた。港に向かう火鳥たちだが佐津田刑事がいて近づけない。Dr.ジャンゴは海底火山を噴火させようと採掘基地の竪穴からマグマに向かってミサイルを放つ。基地に残された人を救い、ミサイルを食い止めろ！

ドライアスとDr.ジャンゴは世界科学者会議に参加する科学者たちを標的に、会場に向かうリニアモーターカーを暴走させる。このままでは原子力発電所に激突してしまう。サンダーバロンとファイバードによる列車救出作戦がスタートする！

デパートのペルシャ秘宝展に展示された巨大な真紅のダイヤを観に来た火鳥、天野博士、ケンタ、ハルカ。そんな博士に佐津田刑事は窃盗未遂の疑いをかけ追い回す。取り残され、偶然トイレで宝石を盗む計画を聞いてしまった火鳥は、宝石強盗の仲間になることに。

出撃する火鳥とケンタだが、現場に着いた途端にドライアスメカは消滅してしまう。実はDr.ジャンゴがファイアージェットに発信機を付けるためにおびき出したのだ。ところがその発信機をハルカがブローチと勘違いし、付けたまま牧場にピクニックに出かけてしまった。

ノーベル賞を全て受賞しようとするDr.ジャンゴが受賞会場を占拠した。天野博士が発明した万能溶解剤を盗用して、全世界を溶かし切ると脅しをかける。天野博士が中和剤を作成するまでその野望を食い止めるべく、宇宙警備隊はノルウェーに向かう！

ケンタたちと一緒に野球をすることになった火鳥。実際のプレーを見せようとケンタは火鳥をドーム球場に連れて行く。その頃、首相官邸にDr.ジャンゴの脅迫状が届いていた。高性能爆弾によって5万人を消滅させるという。爆弾が仕掛けられたのは満員のドーム球場だった！

花が咲く姿を見て感動する火鳥を、ハルカはフラワーフェスティバルに誘う。一方ドライアスは、花を枯らして人々の心を荒ませようと、世界各地の花畑を襲う。フラワーフェスティバルにもドライアスメカが現れ、崩壊したパビリオンに子供たちが取り残されてしまった！

川や海を死滅させようと、Dr.ジャンゴは赤潮を発生させてどんどん広げていく。海上にはドライアスメカが現れ、このままでは生命の源・海が大ピンチ！ 天野博士がミラクルウォータークリーナーを製造するまで、赤潮から海を守れ、ファイバード！

天野博士の旧友ヒルマン教授の孫娘キャシーが誘拐された。身代金として大気元素浄化装置のデータを狙うDr.ジャンゴが裏で糸を引いていたのだ。誘拐電話の逆探知に成功したガードスターは犯人のアジトに向かう。ここで天野博士は一計を案じるが…。

ダムの水が謎の大竜巻に吸い上げられてしまい、深刻な水不足が発生した。そんなときケンタの友人であるアキラが、模型作りの火の不始末から火事を起こして入院してしまった。熱血漢の消防車ガードファイアーはアキラに説教しようと病院に向かうが…。

アメリカに転校してしまったクラスメートのヨウコに手紙を書くケンタ。しかしDr.ジャンゴが世界中の電波を撹乱したため、飛行機も船も動けず国際郵便が届けられない。残る連絡手段は電話だけだが、今度は日本とアメリカを繋ぐ海底ケーブルが狙われた！

火山帯を刺激して噴火させようとするDr.ジャンゴによって地震が頻発していた。次に大きな被害が起こると想定された八ヶ島に急行した火鳥は、老婆やヤギの救出に奔走する。そこへ噴火が起きないことに苛つくジャンゴが火口を直接刺激し始めた！

実験研究都市である「未来都市2010」を訪れた火鳥は、この都市のメインコンピュータ・ハックと仲良くなる。しかしDr.ジャンゴのコンピューターウィルスによって都市機能が奪われてしまった。友人ハックの街を守るため、ファイバード、そして宇宙警備隊出動だ！

ドライアスメカがまき散らした砂により街が消滅してしまった。ガードレスキューが捕まえるが、砂の影響で動きが鈍い。この砂にはコンクリートを粉にし金属を錆びさせるカビの一種が含まれていたのだ。ファイバードたちはカビに侵食され、行動不能になってしまう。

南米へ、神の力が発現するという秘祭を見に行く天野研究所の一行。ところがドライアスもこの祭の力を狙っていた。デスバード、デスタイガー、デスドラゴンの猛攻の前に苦戦するサンダーバロンとガーディオン。火鳥はDr.ジャンゴよりも先に神の力を手にできるか？

アメリカのホワイトハウスが包囲され、大統領が「アメリカはドライアスに降伏した」とコメントを出した。アメリカを解放しようと乗り込んだ宇宙警備隊の前に、ついに宇宙皇帝ドライアスが立ちふさがる。最強最悪の敵を目の前にして、ファイバードは敗れてしまうのか!?

ドライアスは人質を使って地上の拠点となる「デビルの塔」を建設していた。火鳥は宇宙にいる仲間に応援を求め、天野博士はテシター壊滅光線発射装置の開発を急ぐ。再びアメリカに向かった宇宙警備隊だが人質と身代わりに捕らえられてしまう。反撃なるか!?

新メンバー、ガードウイングは宇宙警備隊の規律を守らず、勝手な行動をとっていた。そのころ、洋上空港がゾルとシュラによって乗っ取られてしまう。協調性には欠けるが、邪悪な企みには敢然と立ち向かうガードウイング。しかしドライアスに捕らえられ…。

霧隠山上空で旅客機が失踪した。ドライアスが山全体に妨害電波を張り、行方不明となった人々を使って基地を建設していたのだ。調査に向かった山中で火鳥と連絡を取ろうとするケンタとガードレスキューは、妨害電波装置を破壊しようと考えるが…。

原因不明な花粉アレルギーが広がっていた。ドライアスの手先たちが栽培している妖しい花が原因だ。ドライアスの企みは、そのデビルフラワーを使って人間を奴隷にするというものだった。Sガーディオンのパワーで、この花と悪の野望を壊滅させろ！

火鳥にそっくりなハルバドール国の皇太子が来日した。ところがパレードの混乱で火鳥と皇太子が入れ替わり、火鳥は戴冠式のために本国に連れて行かれてしまう。そこでは王座を狙う公爵と、レアメタルを欲しがるジャンゴが手を組み、皇太子の暗殺計画が進行していた！

夏休みの宿題のために博物館を訪れたケンタたち。そこには展示されている隕石を狙ってDr.ジャンゴもやってきていた。その隕石はドライアスと正反対のエネルギー波動があるらしい。しかし隕石を盗み出したところを一平と五郎の泥棒コンビに見つかってしまった。

火鳥を襲う謎の幻覚。カップラーメンのテレビCMで流れるメロディーを聞くと現れる幻覚によって、火鳥だけでなくガードチームやエースバロンも衰弱していく。これこそデビルストーンの波長と同じ音楽で宇宙警備隊を弱体化しようというDr.ジャンゴの作戦だった。

天晴海岸にやってきた天野研究所の一行。ところが夏だというのに気温が急激に下がっていく。原因を探り出したファイバードを冷凍光線を放つメカ獣が襲う。カチンコチンに固まってしまったファイバードを助けるために、ケンタは決死の雪上サーフィンを試みる！

地球に落下する人工衛星。大気摩擦で燃え尽きるはずが、なぜかそのまま落下してしまう。新メカ・ファイアーシャトルで宇宙に調査に向かった火鳥たち。ところが待ち構えていたドライアスにファイアージェットが破壊されてしまった！

スペースシャトルのヘラクレス号が事故を起こした。隕石の衝突によって進路が変わってしまい、しかも船外作業員が戻れなくなったという。ファイアーシャトルで救出に向かう火鳥。無事にヘラクレス号を救出できたが、着陸地点のNASA基地はドライアスに制圧されていた！

ウソつき少女・マユミのウソに振り回される大人たち。マユミが宇宙人が攻めてきて電波塔を襲うと言っても誰も信じない。ところがサンダーバロンだけは、彼女の言うことを信じてマユミが住む六ヶ岳周辺の調査を始める。本当に宇宙人は電波塔を襲おうとしているのか？

用意周到な準備の上に始まった、月面のマスドライバーによる地球爆撃作戦。ドライアス自身も出陣しての戦いに、宇宙警備隊の面々も苦戦してしまう。しかし強大な敵を前に、ファイバードは新たな力を手に入れた。最強合体グレートファイバードがここに降臨する！

天野博士の夢に亡き妻・ユリが現れた。ドライアスに従うように諭すユリ。夢であっても彼女がそんなことを言うはずがないと、博士はイタコメカを作成しユリを呼びだそうとするが失敗してしまう。しかしその夜、火鳥はイタコメカから出てきたユリと会う。

ショッピングパークで行われる赤ちゃんコンテスト。しかしこれは赤ん坊を誘拐して悪の兵士に育て上げようというDr.ジャンゴの作戦だった。赤ちゃんが取り込まれたメカ獣へ乗り込む火鳥と国枝先生。早く救出しないと脱水症状を起こした赤ちゃんが大変なことになってしまう！

天野博士の友人・ヒルマン教授の大気元素浄化装置が完成した。ところがジャンゴの悪巧みで、大気汚染促進装置にされてしまう。装置を停止させるには狭いところに入れる人間、背の小さいケンタの協力が必要だった。さあ、いまこそ小さな勇気を見せるときだ!!

ハルカの両親が住む街に吸血鬼が現れたという知らせに、ハルカと火鳥たちはドイツに向かう。久しぶりの親子の対面とおもいきや、大喧嘩を始めてしまう天野博士とハルカの父・たすく。国枝先生は吸血鬼に襲われた人の首に針が刺さっているのを見つけるが…。

バミューダ海域を進む船が海賊の幽霊船に襲われるという事件が発生した。海上と海底に分かれて調査を始めた火鳥たちは、海底で沈没船を発見する。船の中を調べる火鳥とケンタ。そこで出会った海賊船の船長・モーガンの幽霊は、自分は無実だと言うが…。

東京湾に突如巨大ゴリラが現れ街を壊し始めた。ガードチームはゴリラがメカ獣ではなく本物だと気づく。地球の生命を守るためにやってきた宇宙警備隊が地球の生き物を攻撃するなんてことはできない。火鳥はオカリナを吹いてゴリラをなだめて保護しようとする。

ケンタの学校で授業参観が行われることになった。両親がドイツにいるハルカの父兄代理として火鳥が行くことになる。授業参観当日、火鳥が来るのを待ちながら授業で教育放送を見ていたハルカは、画面に現れた大きな目玉を見て動けなくなってしまう。

慈愛の人・マザーマリアが来日した。尊敬するマリアの講演会に出かけるケンタのママ。ところが本物はドライアスの手先に捕まっており、講演会場に来たのは人々を洗脳しようとする偽者だったのだ。会場に飛び込む火鳥に観客が襲いかかってきた！

銀行強盗の現場に落ちていたのは天野博士の名前が入ったポケットコンピューター。佐津田刑事は博士を逮捕するが、誤認逮捕だったことが判明して捜査の一線から外されてしまった。博士はあのコンピューターが20年前にDr.ジャンゴに盗まれたことを思い出すが…。

楠ヶ原財閥の会長が宇宙警備隊に3億円の寄付をすると宣言した。ケンタと買い物に出た火鳥は、楠ヶ原の娘・薫子と出会う。彼女はゾルとシュラに誘拐されそうになり逃げていたのだ。追いかけてきたゾルとシュラを撃退すると、薫子はなぜか火鳥のことを「パパ」と呼ぶ。

夢見が島ゴミ処理場で火災が発生し、消火活動に出動するガードファイアー。一方ガードウイングは、街を混乱させている神経ガスの詰まったカプセルの発射源を夢見が島で発見する。周囲を火の海にしてメカ獣と戦うガードウイングに、ガードファイアーが怒りだした。

クリスマスの夜、天野家のクリスマスパーティにやってきた佐津田刑事。ところが高熱を出して倒れてしまう。全身には黒いシミができており、しかもこの奇病は全国で発症していた。Dr.ジャンゴがトナカイ型の飛行船から降らせた細菌入りの黒い雪が原因だった。

米国で建てそこなったデビルの塔を、再び作ろうと企むドライアス一味。手始めに天野博士を誘拐して、宇宙警備隊の眼を海底基地に向けさせる作戦にでた。火鳥が博士を助けている間に、基地の外ではサンダーバロンとSガーディオンがやられてしまう。宇宙警備隊、大ピンチ！

ギアナ高地で再びデビルの塔を建設しようとするドライアスたちは、世界各地から人々を誘拐し、その建設の労働力としていた。修理中のサンダーバロンやガーディオンは出撃できない。火鳥はドライアスメカに紛れてギアナ高地に向かい、人質解放作戦を開始する。

火鳥のオカリナの曲に含まれるカタルシスエネルギーがドライアスに有効だということが分かり、天野博士はヒルマン教授とカタルシス砲の強化作業に取り掛かる。しかしデビルの塔が完成し、サンダーバロンとスーパーガーディオンは捕らえられてしまった。眠るケンタとハルカに微笑み、火鳥は一人出動する…。

火鳥はデビルの塔を攻撃するが、暗黒フィールドを打ち破れないでいた。しかし新カタルシス砲が到着し、反撃を開始する。スーパーガーディオンとサンダーバロンを助け出すが、新カタルシス砲のエネルギーが尽きてしまった。現れたオーガニック・ドライアスにグレートファイバードが最終決戦を挑む！