ダバとキャオはリーリン率いる盗賊団に狙われていた。盗賊の一味の美少女アムは、かよわい女のふりをして2人に接近、甘い言葉でキャオを誘惑してしまう。騙されたキャオは、ダバが寝ている間にワークスを後にしてしまうのだった。作戦成功とばかりにワークスに乗りこんだリーリンだったが、そこにはダバが残っていた。

アマンダラを捜し、プリャーモにたどりついたダバとキャオとアム。そこへリーリン一味がやってきて、キャオとアムは捕らえられてしまう。その頃ダバは、見世物小屋でひどい扱いを受けている妖精のリリスに出会う。リリスを見世物小屋から救い出したダバは、リリスの手引きでキャオとアムを救出に向かって…。

正規軍入りを夢見る青年ギャブレット・ギャブレーは森の中でダバたちのワークスを発見する。彼は、空腹のあまりにダバたちの朝食をこっそり頂いてしまう。自分を侮辱したダバに逆恨みをしたギャブレーはリーリンたちにダバを襲わせ、自らもヘビーメタル、アローンでエルガイムに戦いを挑むのだが…。

再びプリャーモへやってきたダバたち。だが、手形を正規軍に持っていけば軍人になれると知ったキャオは手形を盗んでしまう。一方ギャブレーは、手形を取り返す代わりに正規軍への推薦状を書いてもらう条件をアマンダラから勝ち取り、再びダバの元へ。その頃、キャオは手形が取り扱い停止になっていたことを知って…。

ギャブレーはアマンダラの推薦で念願の正規軍入りを果たす。一方ダバたちも念願のアマンダラ邸を訪れるものの、主人不在で会えずじまい。ダバはアマンダラのいる惑星ミズンに向かう決意を固めるが、通行証を持たない3人は正規のルートでミズンに行くことができない。密航を決意したダバは、輸送船を奪うことにする。

輸送船に乗り込んだレッシィは早速行動を開始するが、レッシィの相手はアム。2人の戦いが終わった後も、船の行き先がミズンではないことがわかったり、パトロール艇と戦うはめになったりと、トラブルが続出。だが、レッシィはパトロール艇を引き上げさせてしまう。ダバを助けたのは自分の手柄のためなのか、それとも…？

惑星ミズンまでやってきたダバたち。レッシィの協力で無事着陸した。しかし空港には罠がはられており、キャオはレッシィにハメられたのだと決めつける。そんなレッシィをかばったのはダバ。レッシィは単身飛びだすが、敵の攻撃にさらされてしまう。そこへダバが助けに来てくれたものだから、レッシィの気持ちは…。

ダバたちを救ったのは反乱軍のステラ・コバン。ダバはエルガイムを修理してもらうだけでなく、アマンダラの居場所まで教えてもらう。ダバはアマンダラの所へ向かう途中でかつてヤーマン族の首都・ロージナであった場所を通りがかる。育ての親、ダバ・ハッサーから聞かされていたこの街を目にしたダバは…。

リーフを救いだすため、ダバとキャオは女装してアムと共にベースに侵入する。基地にいたレッシィはダバを見つけて、リーフの救出に手を貸すが、ギャブレーはそんなレッシィの行動などすでにお見通しだった。リーフを泳がせることで反乱軍の基地を見つけだし、一気にそこを叩くつもりでいたのだ。

ダバを試すため、時間内にアマンダラから軍資金を受け取って戻れという条件を叩きつけたステラは、アムを人質に取った。アマンダラを死の商人だと嫌悪していたダバに、アマンダラは正規軍との金銭関係を否定する。その頃ギャブレーは、アマンダラの宇宙船を作戦指令にあった「謎の宇宙ヨット」と判断、攻撃開始する。

ステラと共に反乱軍の先頭に立って戦うようになったダバ。レッシィも皆と打ち解けた中、アムは1人ジェラシーに身を燃やしていた。その頃、ネイに取り入ろうと必死なギャブレーは、捕らえたアムとレッシィをエサにして、ダバとエルガイムを手に入れようとする。ギャブレーの罠にかかったダバはギャブレーと戦うが…。

ネイは反乱軍を内側から壊滅させるため、入隊希望者のふりをしてベースに潜入。ステラとアムは正規軍の暗号を解読して、反乱軍の戦力を分散することに決める。しかし、レッシィは暗号が罠であることに気付き、急いでベースにとって返すのだが、すでにネイとギャブレーは手薄な反乱軍ベースへ攻撃を開始していた。

反乱軍の戦力強化のためにエルガイムの図面を見せたことから、エルガイムにはヤーマン族の技術が使われていることが判明。ダバは養父ハッサーの遺言、自分がヤーマン族・カモン家の王子であるという言葉に確信を持つのだった。一方、惑星ミズンにはポセイダル艦隊が接近、ダバは宇宙へ出撃する。

ポセイダルが目の前にいることから戦いに焦るダバは、密かに出撃する。ポセイダルのいるエイプを発見したダバはすかさず攻撃を仕掛けるものの、エイプからは不可解なことに反撃がない。エイプに潜入を果たしたダバはレッシィの助けを借りてポセイダルの部屋までたどりつくものの、それは罠だった。

メカニックマンのキャボット殺しの容疑、そして正規軍スパイ容疑をかけられたキャオ。疑われたことに傷ついたキャオは、ダバの制止を振り切って反乱軍を飛び出してしまった。チャイはキャオに巧みに話を持ちかけて、ステラを暗殺するように仕向ける。自暴自棄のキャオは、ステラを殺そうとするが…。

反乱軍はいよいよ追いつめられていた。ステラが負傷したこととあいまって、戦士の中には逃亡するものも相次ぐ始末。一方ネイは、今日こそ反乱軍を叩きつぶすべく秘策を練っていた。ダバは戦士たちを前に、ここまで戦力差のついた今となってはゲリラ戦しか道はないと力強く話し、皆の心を1つにまとめていく。

宇宙船グルグルで脱出したダバたちは、今後の方針をめぐって意見が対立。レッシィは強引にアムを連れ出して、1人だけ戻ってきてしまう。これにはダバも許せなくて、キャオ、リリスと一緒にレッシィを責めてしまう。そこへギャブレーが現れた。ダバはレッシィのアドバイスを無視してアステロイドベルトに突入するが…。

サート・スターはフル・フラットの私有星。正規軍と言えどもうかつに攻撃を仕掛けることはできないと、イレーネはギャブレーをなだめようとするが、ギャブレーは耳を貸さず、攻撃を開始してしまう。その頃、レッシィは宇宙船グルグルを暴走させてしまい、一行はサート・スターを飛び出すはめになってしまった。

危機を脱したダバたち。しかしギャブレーは、敗れれば敗れる程にダバを倒す事に執念を燃え上がらせるのだった。そしてギャブレーは、新型ヘビーメタル、アシュラ・テンプルを駆り、再びダバに強襲をかけた。ところが今度はアムが連れてきたハッシャ・モッシャが裏切り、ダバたちを正規軍に売って賞金を稼ごうとするが…。

整備用の買いにダバたちはパラータ・スターに立ち寄った。しかし、入港した途端に彼らは捕らえられてしまう。パラータ・スターの住民が虐げられていることを知ったダバは、世界各地にポセイダルに反旗を翻している仲間たちがいる、とパラータの人々に反乱軍への参加を呼びかける。

ギャブレーはなおもダバたちを追い続け、ダバたちはまたもや大ピンチ。そこでハッシャ・モッシャが裏切って、ダバとアムを縛りあげるや、自分の身の安全と懸賞金をギャブレーに要求する。キャオとレッシィは阻止しようとかけつけるものの、ハッシャを逃してしまう。ついにダバを捕らえたギャブレーだったが…。

突然遭遇した商船イプシオン。そこにダバの義妹・オリビーが乗っていることを知ったダバはイプシオンに向かうが、イプシオンはポセイダルのスパイ船で、ダバ、アム、キャオの3人は捕らえられてしまう。それでも義妹と再会を果たしたダバは、オリビーに話しかけるが、オリビーは故郷のこともダバのことも覚えておらず…。

オリビーを追ってマレーニキにやってきたダバたち。そこでダバは、反乱軍の英雄クロソ将軍と間違われ、熱烈な歓迎を受ける。クロソに興味を抱いたダバは、しばらくその名を借りようとするが、そこへ本物のクロソが現れる。2人は意気投合し、共にポセイダルと戦うことを誓うが、このクロソはネイの送りこんだ偽者だった。

リーリンの娘が母の仇とダバの命を狙う。娘の名はアスフィー。もちろんリーリンを殺したのはハッシャであって、ダバではないのだが、アスフィーはハッシャの嘘に疑いを抱かず、復讐に身を燃やす。ギャブレーはアスフィーの腕を利用することに…。

買い物に出かけたアムとリリスは、兵士に見つかって追われてしまう。そこを助けてくれたのは、アムの昔の恋人チェックだった。正規軍の兵士となったチェックは、3年前と同じように愛しているのだとアムに言うのだが、アムはダバのもとへ戻ってしまう。ダバへの愛とチェックからの愛に板ばさみになるアムの心は…。

高熱に倒れたダバは医者に看てもらおうとするが、医者は患者が賞金首のダバと知るや、すぐにギャブレーに売り渡そうとする。キャオはダバを救おうとギャブレーと戦い、その隙にダバは脱出する。しかし、今度はキャオとアムが捕らえられてしまう。ダバは2人を救い出すため、高熱をおしてエルガイムに乗りこむが…。

女であることを意識しだしたレッシィは、今の自分の生き方を密かに気にしていた。他意のない言葉にショックを受けたレッシィはターナを出ていくが、外ではギャブレーに遭遇し、更に神経を逆なでるようなことを言われてしまう。そこで女らしくなってみようとしたレッシィだが、今度はアムとキャオにからかわれ…。

今度こそダバを倒そうと、ギャブレーはアシュラ・テンプルもろともエルガイムを葬り去ろうという自爆作戦を決行。エルガイムは無惨に破壊されてしまう。ギャブレーはそのままターナに潜入し、アムを人質にダバの命とターナを要求するのであった。

親の仇討ちをするつもりが、いつのまにか反乱軍のシンボルに祭り上げられようとしている自分に戸惑いを覚えるダバ。レッシィはダバのそんな態度が中途半端なもののように思えて、酒に酔った勢いでアムと大ゲンカをはじめる。レッシィは口論の勢いでターナを去ることになってしまう…。

セムージュがダバの名声だけを利用するつもりでいたらしいことに気付いたダバ。しかし、レッシィが去った後ではもう遅い。反乱軍を指導するのは自分だと思っているセムージュは、新しい仲間であるニコマコスと共に、ダバの言うことに耳を貸さずに勝手に活動してしまうのだが、案の定、ネイのおとり作戦にはまってしまう。

トライデトアルのベースに到着し、自分を尊敬のまなざしで見つめる少年兵士たちに、課せられた責任の重さを改めて知るダバ。反乱軍もダバを中心に1つにまとまり、やっと正規軍に立ち向かえるようになってきた。一方正規軍は、結束とはほど遠い状態だった…。

正規軍にいる反ポセイダル分子と連携し、グライアを失敬する作戦に出たダバ。だが、セムージュが金で正規軍を買収したことを知り、ダバは彼のやり方に不快感を覚える。一方、セムージュは大型戦艦4隻の引き取りに出てしまう。アマンダラの影を感じるダバだが、それでも受け入れざるを得ないことを認識する。

反乱軍鎮圧のため、13人衆の集結を決めたギワザ。アステロイドベルトへ逃げたダバは、アマンダラと出会う。金儲けのために反乱軍に協力するという割に不可解な行動の多いアマンダラに、ダバは不信感を募らせる。そんなダバは、ギャブレーと13人衆のワザンの猛攻に苦しめられ、アマンダラのホエールに救われる。

ホエールの指揮官はレッシィだったが、レッシィはダバたちに会おうとしない。一方、フル・フラットも反乱軍に協力していることを知ったギワザは、真偽を糾すためにサート・スターへ向かうが、フラットに軽くあしらわれる。レッシィ捕獲の任についたギャブレーは彼女を捕らえるや、ホエールとダバの命を反乱軍に要求する。

ミズンの反乱軍はリィリィに手を焼いていた。パトロールに出たアムはリィリィに捕まり、人質になってしまう。取引の相手は当然ダバ。アムはダバに迷惑をかけるわけにはいかないと1人で脱出を試みるが失敗。ダバは単身アム救出のためにマークIIに乗りこんで出撃。見事リィリィの手からアムを救出するのだが…。

リィリィに襲われているところを助けた老人は、13人衆の1人ワザンだった。ワザンは自決を図るが、ダバに止められてしまう。敵でありながら、ワザンの武人としての生き方に感銘を受けるダバ。しかし、運命は老人と若者を共感させることを許さない。ワザンの部下の要請で、リィリィとギャブレーはワザンの救出に向かう。

反乱軍はついにミズンの首都を奪還した。オリビーから、首都の撤退勧告を聞いたダバは、彼女をポセイダルから取り戻すために飛び出す。だがオリビーはダバの思いを裏切るように、執拗にダバを攻撃する。マークIIでC・テンプル「ヘルミーネ」に組み付いたダバが見せたハンカチに、記憶を取り戻しかけるオリビーだが…。

反乱軍の勢力が強大になるにつれ、正規軍も本気で戦うようになっていた。そこでダバは、ガストガルの回りの隕石群パラータ・スターを推力として使い、スウェートに落とすことで一気に正規軍を叩くという作戦を立案する。その頃、ギワザはポセイダルに反旗を翻すことを決め、スウェートを落とそうと出撃する。

対ポセイダルのための不確定要素・ギワザの行動をつかむため、ダバはターナでギワザのあとを追った。しかし、気付かれないように慎重に飛んでいたせいで途中でエネルギーが足りなくなってしまう。補給要請のため、アムをレッシィのいるホエールに向かわせ、ダバとキャオは小型ボートで敵戦艦に乗り込んだが……。

ギワザは、フル・フラットと同盟してポセイダルを倒す腹積もりでいた。それに応じたフラットはサート・スターをギワザ軍と合流させようとする。ダバはギワザと手を組むフラットに怒りを覚えるが、フラットはさらに大きな野心を抱いているのだった。

フラットを人質に取ったダバはサート・スターからの脱出に成功する。しかし、セムージュがフラットのスパイであることを知ることにもなり、少なからずの衝撃を受けてしまう。しかしダバは、セムージュを信じ、これからも同志として戦おうと彼を許すのだった…。

ギワザの出鼻をくじくため、ダバはフラットを仲間にするべくコンタクトを取ろうとしていた。しかしフラットからの応答はない。焦るダバを見かねたアムとセムージュは、危険を承知でサート・スターへ向かおうと決意する。一方、ギャブレーはクワサン・オリビーの配下に加わり、反乱軍の迎撃を命じられていた。

ポセイダル軍の目を反乱軍からそらすため、フラットとギワザの同盟をクワサンに知らせることを考えるダバ。作戦は成功、クワサンはギャブレーにフラット攻撃を指示、反乱軍はその隙に隕石の爆破テストをつづけ、スターダスト計画の準備を着々と進めていく。フラットによって救助されていたアムたちも、無事帰還する。

レッシィは単身スウェートに潜入、ポセイダルのもう1つの姿を見る。そこへネイも現れ、ポセイダルはレッシィにはダバを、ネイにはギワザを裏切れと命じ、レッシィをネイに拘束させて2人を解放する。一方、反乱軍はパラータ・スターの捕捉に成功した。ギワザの元に戻ったネイは、ポセイダルのスパイ扱いをされ…。

戦闘で生じたトラブルで、停止していたはずのパラータ・スターの原子炉が動き出した。壊れた原子炉は、放っておくと暴走し、大爆発を起こしてしまう。リリスとキャオは原子炉を止めようとパラータに向かう。リリスは核によって滅んだ自分たち・有翼人種ミラリィ族の悲劇を思いだし不安にかられるのだが…。

ポセイダルに対し和議をもちかけるギワザに応じるクワサンであったが、案の定ギワザの罠にはまり捕虜となる。クワサンを人質にしてしまえば、ポセイダルに対しても反乱軍に対しても、有効なカードとして使える。ギワザは、労せずしてクワサンを手に入れたことにほくそえむ…。

ギャブレーはクワサンの虜だった。単身ギワザの前に乗り込んで、クワサンの解放を願い出る。ギワザのつきつけた条件はダバの首。クワサンをこの手で救い出すため、ギャブレーはダバに襲いかかる。クワサン救出への障害がまた1つ増えてしまったダバ。果たしてクワサン・オリビーをその手に抱ける男は…。

スターダスト作戦がはじまった。隕石が狙うのはガストガル星首都スウェート。その作戦の成功を、ギワザに利用されてしまっては意味がない。しかし、ギワザは反乱軍より先にポセイダルを叩くべく、作戦に乗じてガストガルに降下するつもりだった。

惑星スウェートへ迫るダバたちの前にたちはだかるポセイダルのホロスコ―プ。最終決戦が今火蓋を切ろうとしていた。フル・フラットとポセイダルの関係を考え始めたアムはガストガルへ向かう。後を追うダバ。フラットはポセイダルと対決、フラットの言葉に、ポセイダルは封印されていた自分の記憶を蘇らせてしまう。

フル・フラットに憧れを抱いているアムはフラットとの敵対を避けるために彼女に会おうとする。それを知ったレッシィは彼女ひとりでは死んでしまうと感じ、アムと行動を共にする。しかし卑怯な手段でギワザを葬り去ろうとするフラットの姿を見てしまったアムは激しく動揺する。そしてフラットはアムに銃を向けるのだった。

戦いは反乱軍、ギワザとフラット、そしてポセイダルの四つ巴の状況へもつれこんでいた。だが、全ての鍵を握るのはアマンダラ・カマンダラ。彼の艦で起こったトラブルは、彼こそがポセイダルを操っていたことを教える。フラットは過去との訣別を決め、再びポセイダルに会うためにガストガルへ降下する。

フラットはポセイダルに、元のミアンに戻れと告げた。フラットはポセイダルを救うために、アマンダラによって都合の悪い記憶を全て消されているポセイダルに全ての秘密を告げる。本当のポセイダルはアマンダラ。ミアンは恋心をアマンダラに利用され、都合のいい操り人形のアマンダラに改造されてしまっていたのだと…。

本性を出したアマンダラは、ミアンを使ってスウェートを自爆させ、ダバたちを一気に葬り去ろうとする。一方、ミアンはアマンダラを拒絶。ダバはこの戦局を解決するには、ミアンにかけられたマインドコントロールを解くしかないと考え、クワサンのバイオセンサーを使ってミアンとコンタクトを取ろうとする。

最後の敵、それはアマンダラであった。究極のHM、オリジナル・オージェの圧倒的なパワーに追い詰められるマークII。惑星メッタ衝突まであと10分。ポセイダルは自分の命とすべてのエネルギーを使ってスウェートを移動させることで、破局を回避しようとする。ポセイダルの死によってパワーを失ったアマンダラは…。