金冠学園でバレエを学んでいた女の子・あひるは、ある日、憧れの先輩・みゅうとに怪我をさせてしまう。あひるは何とかみゅうとに謝ろうと思うのだが、彼の友人・ふぁきあに阻まれてなかなかみゅうとに近付けずにいた。そんな時、あひるの目の前で、小鳥を助けようとしたみゅうとが寮の窓から転落してしまい…。

プリンセスチュチュに変身してみゅうとを助けたあひる。だが、目を覚ました彼女は自分が鳥のあひるである事に気付く。そこにドロッセルマイヤーが現れ、心臓を失くした王子様の話を語り始める。そして、プリンセスチュチュとして王子を救う決意があるならという条件で、あひるは女の子に戻してもらい…。

プリンセスチュチュとしてアリクイ美に宿っていたみゅうとの心を戻して、有頂天なあひる。だが、みゅうとと恋人のるうがデートに出かけるところを目撃したあひるは、落ち込んでしまう。そのデート中の2人の様子が変な事に気付くあひる。そんなみゅうととうっかり鉢合わせしたあひるは、2人で道に迷ってしまうが…。

あひるは、王子様とは決して結ばれないというプリンセスチュチュの哀しい運命を知ってしまった。それでもみゅうとを助けたいという思いが募るあひる。そんな折、みゅうとが行方不明になってしまう。ひょんな事から共にみゅうとを探す事になったあひるとるうは、彼が幻のような古い屋敷の中へ入っていくのを見付けて…。

今日は火祭りの日。一番上手に踊った恋人たちが結ばれるという言い伝えのあるお祭りだ。その中で、あひるはるうと待ち合わせをするみゅうとを見かける。だが、そこにふぁきあが現れ、みゅうとを図書館に幽閉してしまう。るうの為にもみゅうとを助け出そうとするあひるだが、みゅうとの姿は図書館から消えていて…。

段々と心を取り戻していくみゅうと。それを喜び、頑張って心を取り戻そうと張り切るあひる。だが、彼女とは対照的に、ふぁきあとるうは不安を感じていた。そんなある日、町の劇場に巡業のバレエ団がやってきた。その見学にいったあひるは、何故かそこの看板女優に見込まれてオーロラ姫を演ずる羽目になってしまい…。

みゅうとがチュチュに心を戻してもらう事に不安と恐怖を抱いている事を知ったあひるは、チュチュとなる事を止める決心をし、ペンダントを投げ捨てた。一方、みゅうととふぁきあは人目を避け、川沿いの水車小屋に身を隠していた。そして、みゅうとが川岸で不安を持て余していると、川から不思議な声が聞こえて…。

プリンセスクレールに心のかけらを奪われてしまったあひるだが、みゅうとの為に心を取り戻す思いに迷いはなくなった。一方、クレールに変身したるうは、奪った心のかけらにより心を惑わされていた。そして、みゅうとを巡って再び対峙するチュチュとクレール。だが、そこに仮面とマントを身に付けた男が現れて…。

みゅうとに拒絶され、町をさまようふぁきあ。一方、るうは自分の力を恐れ、自分が何者なのかを悩んでいた。そんなるうを陰から見つめる少女・まれんに気付き、接触するあひる。まれんもまたみゅうとの心のかけらにより、心を惑わされていた者の1人だったのだ。心を返そうとするチュチュとみゅうとを見たるうは…。

ふぁきあから剣を向けられ、その場から逃げ出したチュチュ。彼女が残したペンダントを拾ったふぁきあは、その正体を疑う。一方、ペンダントを落とし、人間の姿でいられなくなったあひるは、ふぁきあがペンダントを持っている事を知る。そして、鳥のままふぁきあの後をつけたあひるは、そこで彼の哀しい運命を知り…。

3度も危機を救ってくれたチュチュへの想いが募るみゅうとは、美しいペンダントを彼女に贈ろうとしていた。それを知ったあひるとるうは、それぞれの思いを抱えて悩む。ひたすらチュチュを待ち続けるみゅうとを見て、チュチュに姿を変えて現れるあひる。チュチュに会えた事を喜び、みゅうとは彼女にペンダントを贈るが…。

クレールにチュチュとふぁきあが敗れ、みゅうとは再び心を失ってしまった。そこへるうが現れ、あひるたちの目の前でクレールへと変身する。それを見て、戸惑い悲しむあひると、敵意を燃やすふぁきあ。そして、クレールは湖にこいと言い残し、みゅうとを連れ去ってしまう。そんな2人はクレールを追って、湖へと向かい…。

みゅうとを巡って対決するチュチュとクレール。王子に告白すると光の粒になって消えてしまうというチュチュの運命を知りながらも、クレールは王子に愛を伝えて取り戻してみろとチュチュに言う。そんな時、クレールに戦いを挑み、傷付き湖に沈んでしまうふぁきあ。それを見たチュチュは、王子に愛を伝える決心をして…。

クレールとの決戦から1週間程過ぎ、あひるたちの平和な日々が続いていた。学園から姿を消したるうの心配をしつつも、相変わらずおっちょこちょいなあひる。彼女に親しみを込めて話しかけてくるみゅうと。あひるはそんなみゅうとを見て、全部の心のかけらを取り戻そうと決意する。そんな中、学園である事件が起こり…。

学園では、ふぁきあがみゅうとを窓から突き落としたという話で持ち切りだった。本当は自ら飛び降りたのに、その経緯を猫先生に聞かれたみゅうとは、「これはただの事故」とふぁきあをかばうような発言をする。邪悪な笑みを浮かべながら…。それを見ていたあひるは、みゅうとが普通の状態でない事を確信して…。

足を怪我したるうの代わりにバレエコンクールの優勝者がみゅうとと踊れるとあり、盛り上がる学園の女生徒たち。だが、あひるはみゅうとが何かするのではないかと心配気味。そんな中、花を愛でる美しい少女・ふれいあに近付くみゅうと。あひるは、彼がふれいあを生贄として狙っているのではないかと心配して…。

学園でのみゅうとの人気は高まる一方。だが、あひるたちはみゅうとの今の状態をよくない事と捉えている。そんなあひるを執事と牛を従えた少年・ふぇみおが見ていた。自分こそが「学園の王子様」にふさわしいと考えており、女生徒たちがみゅうとに憧れている現状を変えたいと思っていた彼は、あひるを口説こうとして…。

演劇サークルの人々と出会ったあひるは、彼らがバレエの踊れる男子を探している事を知る。ふぁきあこそ適任だと思い、彼を演劇サークルのメンバーへ紹介する事にしたあひる。乗り気ではないふぁきあだったが、あひるに押し付けられた台本を読んでみると、そこには今朝、夢で見た幽霊騎士の物語が綴られていて…。

深夜、あひるの前に突然出現したドロッセルマイヤーは、謎の言葉を残して去っていった。あひるはふぁきあにその話をするが、何となく気まずい雰囲気になってしまう。悩むあひるはレッスンにも気が入らなかった。そんな彼女の様子を恋煩いだと勝手に盛り上がるぴけとりりえは、ふぁきあ宛のラブレターを作成して…。

騎士としての自分の存在の無力さに悩むふぁきあ。あひるは彼が幼い頃、面倒を見ていた女性・レーツェルから、ふぁきあの創作した物語が現実になった事があるという話を聞く。現在もふぁきあにその力があるなら、みゅうとの物語をハッピーエンドで創作すれば彼は救われるのではないかと、あひるはふぁきあに提案するが…。

みゅうとの物語を書こうと決意したふぁきあ。あひるはそんな彼を見守る事しかできず、バレエのレッスンも取り残されて自分の無力さに悩む。一方、図書室で本を調べていたふぁきあは、あおとあという生徒から言付かったと図書委員に本を渡される。物語に関する何かを知っているようなあおとあを不審に思ったふぁきあは…。

ふぁきあは、確実に自分の物語を現実にする事ができるようにと修行に励んでいた。彼の姿を見つめるあひるは、自分にはみゅうとの為に何ができるのかと悩む。一方、あおとあは、ふぁきあが物語を現実にする力のある者として選ばれた事にショックを受ける。るうもまた自分が何者かわからず、街をさ迷っていて…。

ドロッセルマイヤーの墓へ吸い込まれたチュチュ。彼女を助けようとするふぁきあだが、墓地の入り口はビクともしない。チュチュを救い出すには物語の力を借りるしかないと、ふぁきあは物語を書く決心をする。その頃、チュチュと一緒に墓の中へ迷い込んだうずらは、おかしなハンドルの付いた歯車を見つけて…。

みゅうとの物語を書こうとするふぁきあの前向きな姿勢を見たあひるは、自分にできる事＝みゅうとの心のかけらを取り戻す事に全力を注ぐ事にする。そんな中、あひるは暗い顔をして町外れの廃屋に入っていくるうの姿を見付ける。そして、あひるが窓から中を覗いて見ると、そこには鴉と化したみゅうとがいて…。

純粋な愛の力でみゅうとを王子に戻したるうは、大鴉の餌食となってしまった。チュチュは最後の心のかけらであるペンダントを王子に返しそうとするが、どうしてもペンダントは外れなかった。大鴉は「最後の心のかけらを夜明けまでに戻せ。もし夜明けまでに姿を現さなければ王子の心臓を裂く」とチュチュに告げて…。

復活を果たし、大鴉との対決を迎えた王子・みゅうと。だが、るうを人質に取られている為、みゅうとは手が出せなかった。元の鳥の姿に戻ったあひるは彼を助けたい気持ちでいっぱいだが、所詮は鳥。しかし、そんなあひるにもできる事があった。それは踊りで人々に気持ちを伝える事。果たして、あひるが伝える気持ちは…？