クリスマスも近い巴里に墓荒らしの被害が続出。パトロールの為、夜の墓場を訪れた花火とコクリコの前に、突然、花火の父・正道が姿を現した。巴里華撃団の任務は機密事項。花火をかばうためにとっさにコクリコが「巴里華撃団というのはサーカスなんだよ！」と言ってしまい、巴里花組は一夜だけサーカスを演じることに…。

グラン・マの留守中にシャノワールで、英国貴族の家宝「ロイヤル・クロック」が盗まれてしまった。警察の強制捜査を主張する英国貴族。そんなことをされては巴里華撃団の秘密がバレてしまう！ 何とかしなくてはと焦るメル＆シーは、盗難事件の際に見かけた怪しい男を街で発見すると、そのまま追跡を始めるが…。

「…隊長を中心に、一丸となって、巴里の平和を守ってくれ」日本から届いた大神の手紙。彼の後任の決まらない巴里華撃団では、これをきっかけに「隊長問題」が再燃してしまう。一方、巴里の街を壊滅させようとトゥールネル伯爵は、闇の力をエッフェル塔に注いでいた。そのため、エッフェル塔が怪物と化してしまい…。