スゴウアスラーダ期待のニューマシン“アスラーダGSX”の搬送中、突如正体不明のヘリが攻撃を仕掛けて来た！バイクで伴走していた少年・ハヤトは、その車体をサーキットに届ける任を受け、初めてサイバーフォーミュラマシンの運転を試みるが、ヘリの攻撃は執拗さを増し…。

ヘリとの追撃時に、アスラーダのドライバー登録をされてしまったハヤト。成り行きとは言え、チームに迷惑をかけることをしてしまったと落ち込むハヤトに、アスラーダは明確な判断を告げた。ハヤトの苦悩と、しかし至って前向きな決意が観る者の共感を呼ぶエピソード。

いよいよタイムアタック開始！しかし、初めて経験する強烈なGと慣れないサイバーフォーミュラの運転に、放心状態となるハヤト。しかしあわやクラッシュかという接触事故時に、ハヤトのバイクドライバーとしての本能が目覚め、アスラーダと一体感を築き始めるのだが…。

決勝進出を果たしたものの、調子を出せず焦るハヤト。最早、レースもこれまでか…。しかしハヤトに巻き込まれてのコースアウトにも関わらず、猛然とトップを奪回する新条の走りを見せ付けられた時、ハヤトの中で大逆転への闘志と、前代未聞のアイデアが燃えあがる！

全日本グランプリに出場するため北海道を目指すスゴウチームは、その道中で少女誘拐事件に遭遇する。ハヤトはアスラーダで一緒に犯人を追う若い男の指示によって、これまでとは違った走りの感覚を知る…。危険な匂いも漂わせるよきライバル、ブリード加賀の初登場エピソード。

ニセコで、自然を愛し協調して生きる男に出会ったハヤト。彼こそオフロードの鬼と呼ばれるドライバー、大友譲二だった。ライバルでありながら、心地よい信頼関係を築いていく二人。しかしそんなハヤトに、謎の怪車両軍団が迫る！迫力の荒野での熾烈なカー・バトルが興奮だ。

全日本グランプリ開幕。オン・オフ複合の難コースに集った世界の強豪たちの中にはアスラーダを狙う刺客ブーツホルツの姿もあった。白熱のドッグファイト！がその渦中で逸早くピットインする大友。その思惑に気づいたハヤトは、コンピュータすら予測し得ない可能性に賭ける。

突然のにわか雨で大荒れの日本グランプリ。大友に続き2位に踊り出たハヤトだが悪天候とコースに苦しめられる。そして激しい追撃をかけて来る新条と、アスラーダのクラッシュを謀り静かに迫るブーツホルツ。大波乱のコースに、入賞への意地をかけたハヤトのブーストが轟く！

世界グランプリ出場に向けての航行中、大怪我を負ってしまったサブ・メカニックのペイ。彼の命を救うには、嵐の大洋をアスラーダで輸送するしかない。荒れ狂う大波と点在する岩礁。危機的な走行の中で、ハヤトはコンピュータ担当の牧の言葉を思い出し、それに全てを賭ける…。

ワールドグランプリ第1戦開催地であるグランドキャニオンに到着したスゴウチーム。期待と興奮を押さえきれず食事をとる一行を、静かに観察する一人の男がいた。ゴーグルを決して外さず、英国から参加だというレーサー、ナイト・シューマッハは彼らに何をもたらすのか？

闘志に燃えスタートを切り、トップに立ったハヤトだったが、それはフライングで、彼は60秒のペナルティを科せられてしまう。ひたすらトップを独走しペナルティを取り戻そうと、無謀なドライビングを続けるハヤトだが、ライバルたちは強烈なプレッシャーと共に彼に追いすがり…。

無念の敗退にも関わらず、自分の非を認めたくないハヤトはクルーと対立し、チームを飛び出してしまう。そんな彼がひょんなことで知り合ったのは、元ワールドチャンプのジョン・クリーブだった。レーサーとして一線を退くも、不屈の闘志を失わないその生き方にハヤトもまた…。

突然現れた加賀の誘いで、クラッシュレースに参加することになったハヤト。ルール無用の潰しあいレースに、最初は戸惑うハヤトだったが、自分がやらなければやられるという極限状況の中で、自分に欠けていた決定的な要素に気づくのだ。猥雑な市街での激しいチェイスも斬新。

ラリータイプに調整されたGSXの仕上がりを巡り対立するハヤトとペイ。互いに譲らぬ二人に車田監督は、ハヤトの父やアスカの父と共にマシン作りをしていた頃のことを話しだした。情熱と自信の相克がもたらすわだかまり。世代は変われど、変わらぬ思いを描くグラフィティ。

第2戦でペルーを訪れたハヤトたちは、車椅子の少女リタとその父親と知り合う。リタの足は、既に回復しているのだが、自分で立とうとはしないという。そんなリタを立たせようと、ハヤトはペルー大会で3位迄に入賞することを約束するのだが…。

アンデス山脈を往復する難コース。リタとの約束を果たすため、アスラーダを駆るハヤト。しかしブーツホルグの妨害によって、アスラーダは谷底に転落し、ハヤトも放りだされ離れ離れに…。レース復帰は絶望的か!? その時、アスラーダからの意外なメッセージがハヤトに届く。

第3戦ブラジル大会に備え、アスラーダは高速仕様に追加調整されることに。チーフメカニックのみきは、このため楽しみにしていたコンサートを諦めるが、それを知ったハヤトたちは一計を案じ…。サバサバした姐御肌が魅力なみきの、夢への思いが描かれたセンシティヴな好篇。

富士岡でスゴウを離れた日吉もライバルとして参戦した第3戦。ハイスピードによるカーバトルの命運は、突如降り出した激しいスコールにより転回しだした。一気に順位を上げていくアスラーダ。そこにブーツホルグのミッショネルが、アスラーダを葬り去るため急接近し…。

過酷なレースはますますヒートアップするが、ハヤトはシューマッハへの、そして自分の目前を走る日吉への想いに心を乱され、ドライビングに集中できない。そんなハヤトに、車田監督の叱咤が飛ぶ。レースに集中し全力を尽くすこと、それこそが彼らの思いにこたえることだと…。

第4戦のため訪れたカナダで、あすかは一人兄との思い出の地“願いの滝”を訪れる。そこに姿を現したシューマッハ。互いの身の上を語り一時の安らかな時間を過ごす二人。静かな二人の交流と、他方で次々と明かになっていく事実というサプライズの融合が絶妙なミックスだ！

シューマッハ暗殺を命じられたブーツホルツ。だが、再びレーサー魂を蘇らせた彼は、黒幕スミスとの関係を清算すると、シューマッハに1対1のレース勝負を挑む。細い旧道で激しいイン争いを続ける2台。しかしそんな男の意地をかけた勝負に、予期せぬ邪魔者が現れて…。

病院に収容された修を見舞うハヤトたち。そこに突然、行方不明だったハヤトの母・純子が姿を現した。そして修と純子は、彼らが姿を隠さなければならなかった全容をハヤトたちに語りだす。ハヤトの父・広之が開発したサイバーシステムを巡る陰謀、そして彼の死についてを…。

父の死に大きなショックを受けるも、表向きには不自然なほど明るく振舞って第4戦出場を主張するヤマト。しかし、彼はとうていレースに出れるコンディションではなかった。木々が視界を遮る難コースで、彼は父の幻影を追ってブースト加速を行い、GSXを大破させてしまう。

本来アスラーダを搭載すべく設計されたスーパーアスラダー01。牧たちは大破したGSXからシステムの移植を試みるが、それには失われたパスワードが必要だ。そしてパスワード探しは、ハヤトにとって父の夢を理解し、そして夢を自分のものとして再起する契機となって行く…。

テスト走行での快走に留まらず、車輪が降りない旅客機に伴走し胴体着陸の危機を回避させるなど、驚異的な性能を見せつけるスーパーアスラーダ。世間からの注目度でも、4戦チャンピオンの新条の存在を霞ませる程だ。そんな新条の敵愾心を浴びながら、予選に臨んだハヤトだが…。

第5戦決勝を、ポールポジションでスタートを切ったスーパーアスラーダ。だが、油圧シリンダーの破損により、その可変システムが作動しなくなってしまったのだ。絶対的に不利な状況下で、ハヤトは無謀だが冷静な判断に基づいた、綱渡りのドライビングで、限界に挑んで行く。

14歳でサイバーバイカーズの優勝を勝ち取った、スポーツ万能の貴公子、カール・リヒター・フォン・ランドル登場！ひょんなことから勝気なあすかに一目惚れしたランドルは、邪魔な存在ハヤトを叩き潰すためにサイバーフォーミュラーレースで勝負を挑むのだが…。

ニューマシンのファイヤースペリオンを投入した新条、初参戦ながら勝利予告を宣言する白い貴公子ランドルと、波乱を予感させるノルウェーでの第6戦。アイスバーンに覆われた極寒の難コースで繰り広げられる、マシンとドライバーの精神の限界に迫るラフプレーの行方は？

怪物マシンを駆り、賞金の為ならライバルを潰しあうことも当然の非合法レース“ファイアーボール”。ハヤトは少女エレナのたって願いで、彼女と共にそれに挑むことになる。今回の愛車は、みきの手で復活したGSX！さらに加賀という頼もしい味方も得て、レースに臨む！

ライバル殲滅に特化した超怪物マシン群とのレースで、ハヤトは加賀の協力もあり快調に順位を上げていく。しかし事情を知ったレースの主宰者が、GSXに特別ボーナスをかけたため、アスラーダは怪物マシン群の猛攻を受けピンチに。切り抜けられるか、ハヤト！

葵今日子が立ち上げた新チームが、第7戦より参加することになった。アオイ・ステルスジャガーを駆るドライバーには加賀が抜擢され、一方新条は事実上の2軍扱いとなってしまう。プライドを引き裂かれ荒れた新条は、クルーに当り散らし、レースでの判断力さえ見失っていく…。

第1ヒートで最下位となり、ますます荒れていく新条。クルーに当り散らすその姿を見たミキは、彼を激しく叱責する。「昔のあんたは、もう少しましだったよ！」。そして過ちに気づいた彼は、栄光を取り戻すため、クルーたちと必死の調整を始めるが…執念の復活はなるのか？

スペイン戦を前に、ハヤトに勝ったらあすかのキスを貰うと賭けを挑んできたランドル。戦場は大波がコースを洗いマシンを呑みこむブルーサーキット。そんな難コースであっても、2台は互いに一歩も引かず超高速で突っ込んで行く。加速するレースとハート。掴むのはどっちだ？

フロントスクリーンに映るのは擬似映像！視覚ではなく、サイバーシステムの指示のみを頼りにドライビングしなければならないというまさにサイバーフォーミュラのためのドーム内サーキットは、自然との調和を愛し自身の判断を優先する大友のドライビングを著しく乱していき…。

ハヤトとの接触事故で病院に運ばれた大友。回復してもレースへの復帰は絶望的だという。ハヤトは自責の念から、事故原因がアスラーダのシステム不良によるのではないかと疑心暗鬼にかられていき、ついにはアスラーダを破壊しようとするのだが…混乱したハヤトを救うものは？

いよいよ日本最終戦。ハヤトは非力なGSXで、北海道から浦和までピット無しのノンストップドライビングという厳しいチャレンジに挑むことになる。そこまでいけば、修理が完了した01に乗り換えられる。例え可能性が低くとも、他には手は無い。そしてハヤトは走りだした。

01へのマシンチェンジ後、快調に順序をあげ、ついに新条、ランドルとのトップ争いに参戦したハヤト。そして3者は互いに一歩も譲らぬまま、最終の富士岡サーキットに突入して行く。闘志と誇りの限りを尽くした壮絶なバトルが迎える感動のフィナーレ。栄光は誰に？